Стремясь уберечь наследников от упреждающих ударов, а также обучить их тому, что должен уметь правитель, султаны отправляли своих сыновей (в весьма юном возрасте) управлять провинциями под бдительным присмотром тщательно выбранных наставников. Первые годы жизни Мехмед провел в дворцовом гареме Эдирне, однако в возрасте двух лет его послали в Амасию, главный город Анатолии, дабы там он мог сделать первые шаги на пути к образованию. В то же время старший из его единокровных братьев, двенадцатилетний Ахмед, стал правителем города. Темные силы преследовали принцев в течение последующего десятилетия. В 1437 году Ахмед внезапно умер в Амасии. Шесть лет спустя, когда правителем был другой единокровный брат Мехмеда, Али, в городе произошло ужасное и таинственное событие — османский вариант истории «Принцев Башни». Один из представителей верхушки знати, Кара-Хизир-паша, отправился в Амасию (причем неизвестно, по чьему приказу). Ему удалось проникнуть во дворец ночью и задушить в постели как Али, так и обоих его маленьких сыновей. Целую ветвь фамилии уничтожили в одну ночь, и Мехмед остался единственным наследником престола. Черной тенью этих мрачных событий стала длительная борьба за власть в государстве внутри правящего класса Османской империи. Во время своего правления Мурад усилил корпус янычар, набиравшихся из славян, и повысил некоторых перешедших в ислам христиан, сделав их визирями, — он пытался уравновесить власть старой турецкой знати и армии. То было состязание, финалу которого суждено было разыграться под стенами Константинополя девять лет спустя.
Смерть Али, любимого сына Мурада, глубоко потрясла султана — хотя в то же время вполне вероятно, что Мурад самолично отдал приказ о казни сына, когда открылся заговор, организованный принцем. Однако он понимал — теперь у него нет иного выбора, кроме как призвать в Эдирне юного Мехмеда и взять под контроль его воспитание: одиннадцатилетний мальчик оставался единственной надеждой османской династии. Мурад пришел в ужас, вновь увидев сына: тот оказался упрямым, своевольным и, можно сказать, совершенно необразованным. Мехмед открыто отказывался повиноваться своим прежним наставникам, не давая себя наказывать и не изучая Коран. Мурад призвал знаменитого муллу Ахмеда Гурани, приказав ему привести юного принца к повиновению. С палкой в руке мулла отправился к наследнику. «Твой отец, — сказал он, — послал меня к тебе учить тебя. Но если ты не будешь слушаться, я тебя накажу». Мехмед громко расхохотался в ответ на угрозу, но мулла задал ему такую трепку, что тот сразу взялся за учение. Под руководством отличного наставника Мехмед начал усваивать Коран, а затем продолжил расширять свои познания. Мальчик обнаружил исключительную понятливость, удваивавшуюся за счет железной воли к успеху. Он преуспел в постижении языков — по единодушному мнению историков, он знал турецкий, персидский и арабский и вдобавок умел говорить по-гречески, на славянском диалекте и немного по-латыни — а также увлекался историей и географией, наукой, инженерным делом и литературой. Все это позволяло надеяться, что он станет выдающейся личностью.
