Нам мало известно об одиннадцати годах персидского правления, окончившегося вполне мирно. В июле 629 года император Ираклий, к тому времени вступивший в Персию и захвативший Ктесифон, встретился с персидским военачальником Сарваразом (Шахбаразом) в Арабиссосе на юго-востоке Турции и заключил соглашение о выводе всех оставшихся в Египте войск.
Восстановление административной власти Восточной Римской империи само по себе не нарушило мира и гармонии. В этот период, как и во многих других случаях, ожесточение вызывалось враждой между различными христианскими сектами: в данном случае — между преобладающей монофизитской коптской церковью и малочисленными халкедонцами, пользовавшимися поддержкой константинопольских властей. В Египте вражда еще подогревалась жестким личным соперничеством. Коптский патриарх Вениамин происходил из семьи богатых землевладельцев. На Рождество 621 года, во время персидского владычества, он вступил в монастырь под Александрией, где скоро выделился своей ученостью и благочестием. По словам преклоняющегося перед ним биографа, он был «красив и красноречив, и речи его были сдержанны и полны достоинства». Он скоро переселился в город как главный помощник коптского патриарха Андроника, и тот перед кончиной в 623 году назначил Вениамина, которому тогда было около 35 лет, своим преемником. При сравнительно мягком отношении персидского правительства новый патриарх принялся за реформацию церкви, отправившись в инспекционную поездку в Вавилон и Хулван, где народ радушно принимал его.
Восстановление власти Византии положило конец эпохе веротерпимости. Ираклий в Египте, как и в Сирии, решительно стремился объединить церковь под властью империи. Для этой цели он назначил некоего Кира, по непонятным причинам называемого в арабских источниках Аль-Мукавкисом. Тот, как многие сторонники Ираклия, был уроженцем Кавказа и до тех пор епископствовал в Фасисе. У него, в отличие от Вениамина, не было египетских корней, и страны он не знал, теперь он оказался на посту патриарха Александрии и одновременно гражданского правителя Египта, практически наместника.
С прибытием Кира осенью 631 года Вениамин бежал из города, получив, как рассказывали, предупреждение от явившегося во сне ангела. Перед бегством он призвал священство и мир крепко держаться своей веры и написал ко всем епископам, советуя им бежать в горы и пустыни, чтобы скрыться от грядущего гнева. Затем он ночью выбрался из города и направился сначала к поселению Map Мина, а оттуда, следуя вдоль западного края дельты Нила, добрался до маленького монастыря близ Куса в Верхнем Египте, прославленного в будущих веках как его убежище.
