Кир прибыл во всеоружии имперской власти и взялся за задачу по объединению халкедонян-диофизитов и коптов-монофизитов в изобретенной императором монофелитской теологической формуле, которая стремилась отыскать общую почву для обоих течений. Насколько мы можем судить, Кир был человеком решительным, но довольно жестким, и приказывать для него было естественнее, чем убеждать. Он созвал собор в Александрии, но собрание не достигло успеха. Сторонники Халкедонского собора считали, что должны слишком многим поступиться, и оказывали очень вялую и неохотную поддержку. Копты же напрочь отвергали новое учение. Для них эта формула была вовсе не компромиссом, а новой попыткой провести ненавистную доктрину Халкедонского собора. Сгладить противоречия не удалось, и пропасть между грекоязычным военным и правящим классом Александрии и большинством коптского населения осталась столь же глубокой и непреодолимой, как прежде.
По всей стране расставили ромейские гарнизоны, и Кир начал силой устанавливать власть империи. Коптские источники — жития святых и патриархов — рисуют живую картину беспощадных и систематических преследований, а Кира ставят чуть ли не на одну доску с языческими императорами, подвергавшими гонениям христиан в III веке. Коптская церковь не выиграла от замены власти персов на христианскую. Как говорит Батлер: «Наказание бичами сменилось на наказание скорпионами». Множились рассказы о жестокости Кира и византийских властей и о героическом сопротивлении коптов. Родной брат Вениамина Мина стал мучеником, и верующие с трепетом описывали страдания, принятые им за веру. Сначала его пытали огнем, «пока жир не стал капать с его боков на землю». Затем ему вырвали зубы. Затем его засунули в мешок, полный песка. Всякий раз ему предлагали сохранить жизнь, если он примет решение Халкедонского собора, и всякий раз он отказывался. Наконец его вывезли на семь полетов стрелы в море и утопили. Биограф Вениамина не сомневается в том, за кем осталась победа: «Не они торжествовали над Миной, но Мина своим христианским долготерпением победил их».
Рассказывают, что гонения продолжались десять лет. Действительно ли они были так жестоки и беспощадны, как рисуют их жития мучеников, мы не знаем, но описания передают атмосферу страха и глубоко укоренившейся враждебности к имперским властям. Вероятно, многие копты считали, что любая перемена будет к лучшему.
На этом-то фоне, при совсем недавно восстановленной администрации Веточной Римской империи и резком расколе между нею и коптами, началось мусульманское завоевание Египта. Пока Кир без особого успеха пытался подчинить Египет своей воле, мусульмане занимали Сирию. К 636 году, когда Г&за и большая часть палестинского побережья оказались в их руках, власти Александрии должны были забеспокоиться. Реакция на новую угрозу оказалась смешанной. Кир готов был платить мусульманам дань в обмен на пакт о ненападении, и даже предлагал закрепить союз женитьбой дочери императора Евдокии и Амра ибн аль-Аса, командовавшего мусульманскими силами на юге
