В такой комплектации, предназначавшейся для зарубежных покупателей, был построен первый экземпляр нового «МиГа». Самолет существенно отличался от своего первоначального облика, В частности, по сравнению с аванпроектом его взлетная масса возросла на 260 кг, а площадь крыла уменьшилась почти на 2 мг при неизменном размахе. На передней кромке крыла у корня появился небольшой наплыв, из-за чего входное сечение воздухозаборника оказалось над крылом. На остеклении фонаря появилась перемычка. Стабилизатор переместился с вершины киля вниз. На нижней поверхности хвостовой части фюзеляжа ликвидировали подфюзеляжный гребень. Штанги ПВД перенесли с крыла на носовую часть фюзеляжа. Планер самолета был выполнен, в основном, из алюминиевых сплавов. При этом кессон киля, стабилизатор, рули направления и высоты, элероны, закрылки, створки шасси, каналы воздухозаборников – трехслойные осотовым заполнителем и углепластиковой обшивкой. Аналогично, но со стеклопластиковой обшивкой выполнены съемные панели мотогондол, крышки люков на крыле, створки носовой опоры шасси, панели отсеков радиоэлектронного оборудования на верху центральной и хвостовой секций фюзеляжа. Титановые сплавы использованы в узлах крепления двигателей и тормозных щитках. Ресурс планера МиГ-АТ назначен в 15000 летных часов, а календарный срок службы – 30 лет
Эта машина, получившая бортовой номер 81, впервые поднялась в воздух 16 марта 1996 г. под управлением летчика-испытателя Р.П. Таскаева. Как и положено, программа испытаний первого прототипа была посвящена, в основном, проверке ЛТХ, устойчивости и управляемости на различных режимах полета, в том числе с подвесными топливными баками.
Второй прототип МиГ-АТ получил бортовой номер 83 и был укомплектован российской авионикой, в том числе аналоговой электродистанционной системой управления. Соответственно, он предназначался для российских ВВС, хотя двигатели оставались французскими. Самолет имел три узла подвески НАР и бомб, а также тепловых УР Р-73 класса «воздух-воздух». Кроме того, по сравнению с первым самолетом изменилась конструкция носового обтекателя фюзеляжа, а на верхней поверхности крыла, в зоне излома передней кромки, установили аэродинамические гребни. Второй МиГ-АТ взлетел в октябре 1997 г., к тому времени первая машина уже выполнила 300 полетов, налетав почти 200 ч.
В ходе летных испытаний «борта 83» на нем доработали входные устройства воздухозаборников, вновь вынеся их за переднюю кромку крыла, произвели другие изменения. Но самой существенной доработкой второго прототипа стала замена аналоговой ЭДСУ на цифровую, разработанную МНПК «Авионика» и аналогичную системам управления МиГ-29К и многофункционального истребителя 5-го поколения, С цифровой репрограммируемой ЭДСУ МиГ-АТ впервые взлетел в декабре 1999 г,г опередив Як-130 почти на 5 лет. На «МиГе» эта система управления, наряду с трехкратным резервированием, имеет еще одну важную особенность – неотключаемый аналоговый резерв. (Вспомним, что именно неподключение исправных резервных каналов управления после отказа основного цифрового привело к потере третьего серийного экземпляра Як-130). Примененное на «МиГе» решение, направленное на повышение безопасности, однажды уже спасло самолет и его экипаж. По словам главного конструктора и директора программы МиГ-АТ Василия Штыкапо, «выполнение одного из сложных маневров привело к отключению системы цифрового управления, и летчики сначала даже ничего не заметили. Лишь спустя какое-то время по показаниям приборов определили, что случилось. Обе системы управления проверены в ГЛИЦ, и аналоговая часть рекомендована как безопасная для завершения полета, выполнения взлетов, посадок, элементарных упражнений в воздухе».
