Альба хотел объявить амнистию сразу же после казни Эгмонта, но затем решил приурочить ее к визиту Филиппа, который так и не состоялся. Позднее Альба счел более мудрым постоянно держать мятежное население под угрозой. Так прошел весь 1568 год. Герцог многократно требовал от своих советников проекты амнистии, но так и не решился объявить ее. Лишь получив от короля различные предложения по амнистии, он вновь вернулся к этой мысли, но опять последовала отсрочка.
В конце концов в марте 1570 года Филипп энергично потребовал объявления амнистии, и в середине июля 1570 года — почти три года спустя после прибытия Альбы — она была объявлена в Антверпене. Впрочем, помилований было мало, а перечень исключений очень длинный. Хотя Альба и утверждал, что из четырех поступивших к нему проектов он выбрал самый мягкий, но добавил к нему две оговорки, которые его ужесточили. Оригиналы проектов утрачены, поэтому нельзя сделать более точное заключение, но остается фактом, что неполная амнистия сказалась на Испании хуже, чем проигранная битва, и ответственность за это несет Альба.
Самой роковой ошибкой герцога Альбы было введение колоссальных налогов. Разумеется, деньги должны были вноситься самой влиятельной частью населения, купцами. Вопрос о налогах был следствием денежных затруднений короля, которого Альба уже второй год держал в ожидании необходимых средств. Вскоре король потребовал поступлений из Нидерландов, заставив тем самым герцога прибегнуть к жестким мерам. После долгих совещаний и длительной переписки Альба вынужден был решиться установить налог на имущество в размере одного процента, на продажу земельных участков — пять процентов и налог с продажи — десять процентов. Хотя купцам после долгих переговоров удалось добиться замены налога с продаж на единовременную выплату двух миллионов дукатов, их дела понесли непоправимый урон, а симпатии — исчезли.
Сомнительно, чтобы герцог Альба при введении различных мер полностью отдавал себе отчет в их фундаментальном значении. Действительно, в некоторых отношениях он действовал скорее в русле старых воззрений, не соответствовавших духу времени. Выступал за усиление центральной власти вместо феодальной раздробленности. Пытался ограничить права дворянства, основанные на традиционных привилегиях и препятствующие энергичному управлению государством. Его усилия были направлены на то, чтобы создать крепкую законную и финансовую основу для осуществления управления. Для этого было необходимо заменить налоги и службу (в духе средневековых отношений между королем и вассалом), которые осуществлялись добровольно и постоянно заново согласовывались, на установленные властителем твердые платежи, которые обязан был производить подданный (в духе современных конституций государств).
