Первая публикация С. Ганемана в связи с новым открытием состоялась в 1796 г. в журнале фон Гуфеланда («Опыт нового принципа для отыскания целительных сил лекарственных веществ»), Ганеман писал: «Каждое лекарственное средство вызывает в человеческом теле известный вид собственной болезни, которая тем своеобразнее, определеннее и сильнее, чем сильнее лекарство. Нужно подражать природе, которая излечивает хроническую болезнь посредством присоединения другой, и нужно применять к подлежащей излечению болезни то лекарственное вещество, которое в состоянии возбудить другую, наивозможно сходную искусственную болезнь, и первая будет излечена». Ощущается течение мысли, которая в дальнейшем будет концентрирована формулой «Similia similibus curantur» («Подобное лечится подобным»).
С. Ганеман возвращается к медицинской практике, но уже на принципиально новых, гомеопатических принципах. Его авторитет как искусного врача возрастает с каждым годом, разрастается практика. Вместе с тем С. Ганеман постоянно сталкивается с недовольством, завистью и противодействием врачей и аптекарей. В период с 1793 по 1810 г. С. Ганеман вынужден часто переезжать из одного города в другой, практикуя в Мольшкбене, Геттингене, Пирмонте, Брауншвейге, Вольфенбюттеле, Кенингслюттере, Альптоне, Гамбурге, Мелне, Махеме. Параллельно с практикой составляется объемистый «Аптекарский лексикон», создавший С. Ганеману славу авторитетного знатока фармации. В окончательно оформленном виде концепция гомеопатии представлена в первом издании знаменитого «Органона».
Важнейшим этапом становления и распространения гомеопатии стал второй лейпцигский период жизни С. Ганемана (1811–1821), когда он преподавал в университете. Вопреки противодействию многочисленных недругов, он успешно защитил диссертацию на медицинском факультете, представив обстоятельное историко-медицинское исследование «О геллеборизме древних». Необыкновенная глубина изучения предмета, блестящее знание огромного количества древних источников, убедительность и логичность изложения исключили все возражения даже самых недоброжелательных оппонентов. Получив право преподавать в крупнейшем европейском университете, С. Ганеман сплотил вокруг себя многочисленных учеников и последователей. Это был период быстрого развития знаний и практического опыта по гомеопатии, накопления обстоятельных описаний патогенеза гомеопатических лекарств. Выпущенный С. Ганеманом фундаментальный труд «Чистое лекарствоведение» включал в себя подробные сведения более чем о 60 гомеопатических средствах.
