Медицинская практика не принесла С. Ганеману удовлетворения. В то время применялись лечебные приемы, истощающие больных: большие дозы потогонных, рвотных, мочегонных и слабительных средств, производились частые и обильные кровопускания. Все это приводило в уныние, порождало ощущение беспомощности и бесперспективности медицины. С. Ганеман постепенно отходит от медицинской практики, погружается в литературную работу, включая и переводы.
Важное событие произошло в 1790 г. Работая над переводом труда по лекарствоведению известного в то время шотландского фармаколога Куллена, С. Ганеман обратил внимание на сообщение автора о возбуждающем действии хинной корки на деятельность желудка и решил проверить это на себе. Совершенно неожиданно, принимая внутрь хину, он отметил возникновение у себя многих симптомов малярии (скованность суставов, озноб, дрожь, вялость, сонливость, притупление чувств и др.). Повторение опыта дало тот же результат. Возникло озарение: хинная корка, излечивающая малярию, сама вызывает признаки данного заболевания. Это был звездный час в жизни исследователя! Не без основания 1790 г. считают годом рождения гомеопатии.
В жизни С. Ганемана начинается период интенсивного творческого труда. Он полностью отошел от практики, погрузился в изучение литературы с целью обнаружить мысли о гомеопатии у предшественников, проводил многочисленные опыты с другими веществами на себе, членах своей семьи, друзьях и знакомых. Постулированный С. Ганеманом принцип получил многочисленные частные подтверждения. Например, ртутные препараты в токсических дозах поражают организм, затрагивая многие органы и системы, при этом значительно повреждается толстая кишка (тяжелый язвенный колит). Между тем эти же препараты в малых дозах действуют благоприятно при дизентериеподобных колитах. Мышьяк вызывает холероподобный понос, а в гомеопатическом применении препаратами мышьяка излечиваются поносы различной природы. Йод раздражает дыхательные пути, а в малых дозах благотворно действует при бронхитах. Сера при длительном воздействии приводит к распространенному дерматиту, а в гомеопатии Sulfur iodatum излечивает различные кожные заболевания. Cantharis vesicatoria (шпанские мушки) в токсических дозах вызывает воспаление мочевого пузыря, а в гомеопатических дозах облегчает страдания больных циститом и уретритом. Спорынья в больших дозах вызывает тяжелое поражение организма со спазмом сосудов, осложняющимся развитием гангрены, а в малых дозах Secale cornutum с успехом используется при облитерирующем атеросклерозе, и т. д. Постепенно созревала концепция, которая легла в основу гомеотерапии как новой системы лечения.
