Вместе с успехами гомеопатии, ростом авторитета С. Ганемана и его школы нарастали и силы оппозиции. Возник судебный процесс между ним и лейпцигскими аптекарями, требовавшими передать изготовление любых лекарств в свои руки. В результате С. Ганеману было официально предписано все свои гомеопатические лекарства выписывать исключительно через обычные аллопатические аптеки, находящиеся в руках яростных противников гомеопатии. Это было равносильно запрещению врачебной гомеопатической практики в Лейпциге.
Летом 1821 г. С. Ганеман вынужден был переехать в небольшой городок Кетен под покровительство герцога Фердинанда Ангальт-Кетенского, приверженца гомеопатического лечения. С. Ганеман, слава о врачебном искусстве которого уже разнеслась по всей Германии, вновь получил свободу медицинской практики с правом самостоятельного приготовления и отпуска гомеопатических средств. В Кетен стали стекаться больные не только со всех регионов Германии, но и из соседних стран.
В кетенские годы С. Ганеман выпустил капитальный многотомный труд «Хронические болезни», в основу которых была положена концепция миазмов. Были также основательно уточнены и детализированы важнейшие принципы гомеопатии — потенцирование, или динамизация лекарств, доказательство и объяснение эффективности малых доз. В 1831 г., когда в Европе распространилась холера, С. Ганеман предложил использовать для лечения этого тяжелейшего заболевания, уносившего тысячи жизней, гомеопатические средства (камфора, вератрум, соли меди). Положительный эффект гомеопатии был подтвержден многими врачами того времени, в частности, в Австрии, Венгрии, Англии, Италии, России и др.
В 1830 г. С. Ганемана постигло несчастье — смерть жены, которая была его верным другом и спутником во всех жизненных невзгодах и многочисленных переездах, подарившая ему 11 детей. После смерти жены он продолжал уединенную жизнь и практику в Кетене. Количество больных, приезжавших к С. Ганеману, увеличивалось. В 1835 г. в возрасте 80 лет он женился на 35-летней парижанке Марии Мелани Харвили и переехал в Париж.
Последний, парижский период жизни С. Ганемана был насыщен интенсивной медицинской практикой. Он стал одним из самых популярных врачей в Париже, был окружен почетом и уважением. В связи с возрастом и непосильной нагрузкой здоровье Ганемана стало ухудшаться. 2 июля 1843 г. на 89-м году жизни он скончался и был похоронен в Париже на кладбище Пер-Лашез.
Еще при жизни С. Ганемана благодаря его многочисленным друзьям и последователям гомеопатия, как новая система лечения, стала быстро распространяться за пределы Германии по странам Европы, Америки, Азии.
