Царское правительство жестоко расправилось не только с участниками восстания, но и с не причастными к нему жителями и матросами. К обвинению было привлечено около шести тысяч человек — 20 процентов всего населения города. 1580 человек были отданы под суд. Специально назначенная военно-судовая комиссия приговорила 626 человек к смертной казни и 382 к «гражданской смерти». Царь Николай I не осмелился утвердить после недавнего восстания декабристов такое огромное количество казней (были повешены лишь семь руководителей восстания), но это вовсе не говорит о царской милости. Несколько сот человек подверглись строгим телесным наказаниям и были отправлены на каторгу, 30 человек приговорены к различным срокам тюремного заключения. 4260 матросов с женами и детьми высланы в Архангельскую область, Сибирь и другие отдаленные места. Из Севастополя без средств к существованию выслали всех женщин — жительниц слободок, хотя они и не принимали участия в восстании, а имущество и дома их конфисковали. Не обошли царской «милостью» и детей: «старее 5 лет» дети обвиняемых родителей и «старее 8 лет» дети родителей, высланных лишь за то, что дома их стояли на слободках, были отняты у них и отданы в кантонисты (военные воспитанники).
В 1871 году царское правительство приняло решение восстановить Севастополь как главную военно-морскую базу Черноморского флота и проложить сюда железную дорогу от станции Лозовая. Строители дороги работали в невыносимо тяжелых условиях. Все работы выполнялись вручную. Особенно титанический труд затрачивался на пробивку туннелей, строительство мостов. И без того беспросветная жизнь усложнилась частыми и незаконными штрафами подрядчиков, задержкой заработной платы.
Это привело к стачкам в мае — июне 1873 года. Севастопольские экономические стачки (в одной из них, продолжавшейся 10 дней и закончившейся победой рабочих, участвовало 500 человек), были одни из первых в стране.
С Севастополем связано имя бесстрашной русской революционерки Софьи Перовской. В мае 1876 года, находясь под строгим полицейским надзором, Софья Львовна на несколько месяцев приехала в имение отца под Севастополем. Свое пребывание в Севастополе Софья Перовская использовала для организации первых народнических кружков в городе.
Севастополю принадлежат и яркие страницы истории первой русской революции 1905 года.
Летом 1901 года в Севастополе впервые стала появляться газета «Искра». В ней нередко публиковались корреспонденции, рассказывавшие о положении рабочих городских предприятий и моряков Черноморского флота, о революционных событиях в Севастополе. Ленинская «Искра» зажгла революционное пламя, вдохновила рабочих и матросов на борьбу с самодержавием.
