Планирование и организационное обеспечение полетов воздушных судов "Атлант-Союз" осуществляет сертифицированная производственно-диспетчерская служба авиакомпании (Сертификат № ССВТ2А9.О9.010 - 2000).
Периодическое техническое обслуживание воздушных судов осуществляется только на сертифицированных предприятиях гражданской авиации. Регулярный контроль технического состояния самолотов и оперативные формы техобслуживания выполняет инженерно-авиационная служба компании, имеющая Сертификат соответствия, выданный ИАСАК "Атлант -Союз11 Федеральной службой воздушного транспорта России.
Качество эксплуатации самолетного парка находится под постоянным контролем инспекции по безопасности полетов авиакомпании с использованием материалов объективного контроля, что обеспечивает дополнительные гарантии безопасности полетов. В арсенале "Атлант-Союза" имеются специальные салоны-самолеты, предназначенные для VIP пассажиров. Авиакомпания перевозит делегации правительства Москвы, видных государственных и общественных деятелей, артистов, творческие коллективы и спортивные команды.
Высокий сервис и профессионализм сотрудников компании получили заслуженное признание среди бизнесменов и фирм, работающих в таких отраслях промышленности, как энергетика, автомобилестроение, нефте- и газодобыча, оборонная промышленность и другие.
В марте 2000-го авиакомпании "Атлант-Союз" вручена "Золотая Карта" члена Российско-Брита некой торговой палаты, учрежденной в 1916 году и находящейся под патронажем Его Королевского Высочества принца Майкла Кентского.
Распоряжением Правительства России от 13,02,1998 г № 302-р аэродром "Чкаловский" (Московской области) включен в перечень аэродромов авиации министерств и ведомств РФ как аэродром совместного базирования авиации Минобороны России и авиакомпании "Атлант-Союз".
Приказом Федеральной авиационной службы России от 18.06.1999 г. №153 с аэродрома "Чкаловский" разрешено выполнение воздушных перевозок авиакомпаниями гражданской авиации. 6 этом же году Распоряжением Правительства РФ от 3110.1999 г. №1785-р аэродром "Чка-ловский" допущен к выполнению международных полетов.
Авиакомпания проделала большую работу по регистрации, обустройству, развитии и сертификации гражданского сектора аэродрома "Чкаловский": - в соответствии с двусторонним между авиакомпанией и Министерством обороны России Договором о совместном базировании авиации МО РФ и авиакомпании "Атлант-Союз" на аэродроме "Чкаловский" и его эксплуатации от 1112.1998 сформированы структуры для обеспечения полетов и обслуживания гражданских воздушных судов, выполняющих коммерческие рейсы;
