Вторая машина предназначалась для совместных госиспытаний, отработки системы управления. Этот самолет, впервые представленный на авиасалоне "МАКС-97", имел три узла подвески вооружения, В варианте для российских ВВС на самолете преду смотрена подвеска деух контейнеров Б8М или Б8С7 с НАР типа С-8, пары бомб калибра до 500 кг, пушечного контейнера УПК-23-250 и УР Р-73 класса "воздух-воздух". Изменилась конструкция носового обтекателя фюзеляжа, а на верхней поверхности крыла, в зоне излома передней кромки, установили по одному аэродинамическому гребню.
В ходе дальнейших летных испытаний доработали входные устройства воздухозаборников, возвратившись к варианту эванпроекта. Но самой существенной доработкой второго прототипа стала замена аналоговой электродистанционной системой управления (ЭДСУ) на цифровую, разработанную МНПК "Авионика" и аналогичную системам управления модернизируемого МиГ-29К и многофункционального истребителя 5-го поколения, созданном в Инженерном центре "ОКБ Микояна", МиГ-АТ с российском цифровой взлетел в декабре 1999-го. Это событие выходит за рамки проекта МиГ-АТ, поскольку в России такая система испытывалась впервые. Применение цифровой ЭДСУ позволило заметно улучшить управляемость и пилотажые характеристики самолета. Всего в декабре 1999-го выполнили 5 полетов МиГ-АТ с ЭДСУ в цифровом режиме.
Параллельно с разработкой МиГ-АТ с 1996-го интенсивно, насколько позволяют финансы Тушинского МКБ "Союз", создается отечественный двигатель РД-1700 для перспективного УТС. Его стоимость ориентировочно составит 500 тыс, долл., что вдвое дешевле французского ТРДД04Р20. Стоимость же программы с учетом постройки 12 двигателей опытной партии оценивается в 70 млн, долл. Сейчас опытные образцы нового двигателя изготавливаются на ММП имени Чернышева, которое как и ТМКБ "Союз", входит в корпорацию "МиГ. Несмотря на финансовые проблемы разработка РД-1700 завершена в рекордно короткие сроки, вместо обычных 8-10 лет.
Отсутствие полноценного финансирования правительством РФ разработки УТС вынуждает промышленность активно искать деловых партнеров на международном рынке, демонстрируя свое детище на авиасалонах в различных регионах мира. Это затягивает испытания и передачу самолета в серийное производство. Первоначальные намеченные сроки выпуска серийных машин перенесены на пять лет.
В настоящее время прототипы МиГ-АТ выполнили свыше 600 полетов, сертификационные испытания УТС намечены на август-сентябрь 2001-го. На сертификацию российским и французским военным планируется предъявить МиГ-АТ с французскими двигателями "Ларзак".
