Но здравый смысл одержал верх. В ноябре 1940 года на базе выделенных из АОНов полков тяжелых бомбардировщиков была создана Авиация Главного Командования, предназначенная для осуществления самостоятельных операций - нанесение бомбовых ударов по важным объектам, расположенным в глубоком тылу противника. Ее предлагалось использовать и в качестве стратегического резерва для усиления фронтов (флотов). Авиация Главного Командования авиация включала пять авиационных корпусов и три отдельные авиационные дивизии (всего тринадцать авиадивизий). Основу самолетного парка составляли модернизированные дальние бомбардировщики ДБ-3 и ДБ-3Ф (Ил-4), широко был представлен устаревший ТБ-3, началось поступление на вооружение двухмоторных дальних бомбардировщиков Ер-2 и тяжелых высотных бомбардировщиков ТБ-7 (Пе-8). Всего в составе АГК в то время насчитывалось 2147 кораблей.
Что касается вопросов оперативного применения АГК в предстоящей войне, то у военного руководства под воздействием повышенного внимания к опыту войн в Испании, Китае, Монголии и др. превалировала мысль о нецелесообразности действий по объектам в оперативно-стратегической глубине противника, что ограничивало рамки воздушных операций и масштабы борьбы за господство в воздухе тактическими действиями над полем боя.
С таким багажом дальнебомбардировочная авиация подошла к Отечественной войне и за первые три месяца боевых действий 95% всех вылетов выполнила на поддержку обороняющихся войск. Важнейшими объектами действий были танковые, моторизованные колонны врага и его войска на поле боя.
Не понеся потерь от ударов фашисткой авиации по аэродромам с началом войны (за счет более глубокого базирования), ДБА, будучи привлеченной для борьбы с танковыми группировками и войсками на поле боя днем с малых высот без истребительного прикрытия мелкими группами по множеству целей, несла огромные потери в воздухе. Централизованное управление ее силами было нарушено. Генерал-полковник авиации В.В. Решетников в своей книге "Что было, то было" отмечает, что " Командующие войсками фронтов, а то и армий, в полосах которых базировались дальние бомбардировщики, привлекали их для боевых действий по своему усмотрению, восполняя таким образом катастрофическую нехватку фронтовой ударной авиации ".
Лишь в начале июля 1941 года, после требований Ставки, обеспокоенной растущей непомерными потерями, даль-небомбардировочная авиация стала применяться с больших высот и ночью, а днем - под прикрытием истребителей.
