Гааз согласился, и в значительной мере благодаря его неутомимой деятельности больница была открыта уже через пять месяцев после создания комитета. Федор Петрович до последних дней жизни оставался членом совета этой больницы, непосредственно осматривал больных, помогал лечащим врачам практическими советами.
В 1812–1814 годах военный врач Гааз сопровождал русские войска в походах от Москвы до Парижа. На обратном пути он заехал в Мюнстерайфель и застал отца умирающим. Похоронил его. Тогда он в последний раз видел родные места. Вернувшись в Москву, он остался там уже навсегда.
Бедняков он лечил бесплатно, однако и от богатых пациентов не было отбоя. Преуспевающий врач разбогател. В 20-е годы ему принадлежала подмосковная деревня Тишки с сотней крепостных, суконная фабрика, большой дом на Кузнецком мосту; славились его белоснежные рысаки.
В 1822–1826 гг. он занимал должность главного врача всей Москвы. Генерал губернатор князь Голицын называл его другом своей семьи.
В 1828 году по предложению князя Федор Петрович был назначен членом Комитета попечительства о тюрьмах, учрежденного по особому указу императора. Руководил им сам генерал губернатор; постоянными членами состояли митрополит, гражданский губернатор, сановники, именитые купцы и др. Но с первых же дней душой и главой, движущей силой комитета стал доктор Гааз. За четверть века он пропустил только одно из 253 ежемесячных заседаний комитета, когда сам уже тяжело заболел. Он был главным врачом всех тюремных больниц и вместе с тем покровителем попечителем всех заключенных, ссыльных и каторжан, которых через Москву гнали в Сибирь из разных концов России. Два три раза в неделю уходили колонны по 50-100 человек. Уходили пешком на северо-восток, по Владимирке (теперь шоссе Энтузиастов). И каждую колонну провожал доктор Гааз; осматривал больных, особенно детей и женщин, приносил еду, белье и теплую одежду.
Во время эпидемий «горячки» (то есть гриппа или тифа) и холеры, лютовавших в Москве в 30-е и 40-е годы, Гааз лечил главным образом бедняков, бесприютных и обездоленных. В богатые дома его тогда приглашали редко: боялись заразы.
Староекатерининскую больницу для чернорабочих он превратил в образцовое лечебное учреждение и значительно расширил. Он же руководил постройкой новых тюремных больниц, а Полицейскую больницу для бродяг и нищих переоборудовал, расширил, преобразовал в больницу для всех неимущих, для крепостных и городской бедноты.
