В 1963 г. Ту-16КС были поставлены в Египет, где из них также сформировали две эскадрильи. Экипажи готовились в СССР, а эксплуатация происходила с участием советских специалистов. К июню 1967 г., к началу шестидневной арабо-израильской войны, египтяне располагали в общей сложности тридцатью Ту-16 разных модификаций, которые базировались на авиабазе Каир-Уэст. Израильтяне видели в них основную угрозу и рассматривали в качестве цели №1. Поэтому уже в ходе первого налета на базу, в 8 ч 45 мин 5 июня, «Миражи» и «Супер-Мистеры» уничтожили на земле шестнадцать бомбардировщиков. Через 15 минут после первого начался второй налет, во время которого было уничтожено еще 5 Ту-16, а третья волна израильских самолетов разбомбила остальные. Причем последний Ту-16 был потерян в результате падения на него сбитого египетскими истребителями «Урагана». Не исключено, что израильский летчик сознательно направил на него свой горящий самолет.
После окончания войны в сентябре 1967 г. экипажи ВВС Черноморского флота перегнали шесть торпедоносцев Ту-16Т на аэродром Каир-Уэст, где под руководством советских инструкторов начались тренировочные полеты египетских экипажей. Летал и будущий президент страны Х.Мубарак. Вскоре СССР поставил Египту еще 25 «шестнадцатых», в том числе около 20 Ту-16КСР-2А и Ту-16КСР-2-11, а также несколько разведчиков Ту-16Р и постановщиков помех Ту-16СПС. Из вновь поступивших самолетов были сформированы две эскадрильи.
Перед Октябрьской войной 1973 г. экипажи египетских Ту-16 достаточно хорошо подготовились к выполнению боевых задач. С учетом горького опыта предыдущего конфликта, на этот раз египетские «шестнадцатые» базировались вне зоны действия израильской авиации - на аэродромах к югу от Синая. В ходе войны, с 6 по 22 октября, с ракетоносцев по израильским обьектам на Синайском полуострове было произведено 25 пусков ракет КСР-2 и КСР-11, Двадцать из них были сбиты средствами ПВО Израиля, в основном, истребителями. Но пять ракет все же прорвались к целям, поразив две РЛС и один узел снабжения израильтян. Пуски производились над Средиземным морем, а в некоторых случаях - над сушей со стороны Каира. Необходимо подчеркнуть, что столь низкая результативность применения арабами Ту-16 в данном случае мало о чем говорит, т.к. они получали «кастрированные» экспортные варианты ракет КСР-2 с незащищенными от воздействия помех одноканальными ГСН. Для ведения воздушной разведки активно использовались Ту-16Р. По утверждению египетской стороны, потерь Ту-16 не было, израильтяне же сообщили, что они сбили один такой самолет.
