В то время как израильские военно-морские силы атаковали Порт-Саид, единственная исправная израильская подводная лодка тайком проникла в Александрийский порт. Группа водолазов с зарядами для подрыва египетских военных судов, вышла через люк подводной лодки и пробралась вглубь порта. Ночь была темной и безлунной: идеальное условие для подобных операций. По израильским сведениям, водолазам удалось повредить, а возможно и уничтожить две египетские подводные лодки и два ракетных катера типа «Оса». Подводная лодка ждала своих водолазов почти до рассвета, прежде чем выйти в открытое море, но водолазы не возвратились. Безуспешной оказалась также попытка экипажа подводной лодки подобрать их по истечении суток, как было условлено на случай, если водолазы не уложатся в установленное время или перед ними возникнут непредвиденные трудности. Полуофициальная каирская газета «Аль-Ахрам» сообщила, что в полдень 6 июня четыре израильских водолаза были замечены в воде вблизи яхтенной гавани восточнее Александрии и взяты в плен. Еще двое были схвачены четыре часа спустя. По утверждению египтян, они были схвачены в тот момент, когда пытались овладеть моторной лодкой и бежать на ней.
Единственная наступательная операция египетского флота, привлекшая внимание израильтян, была предпринята 6 июня, когда три подводные лодки приблизились к израильским берегам: одна появилась севернее Хайфы, другая – южнее Хайфы и третья – около Ашдода. Неясно, намеревались ли египтяне атаковать израильские суда или высадить диверсантов, как это сделали израильтяне в Порт-Саиде и Александрии.
Военно-морской флот Израиля имел лишь четыре гидролокатора, но израильским морякам удалось засечь все три египетские подводные лодки и атаковать их глубинными бомбами. Нет сомнения, что одна из них, судя по большому масляному пятну, всплывшему на поверхность, была повреждена. Тем не менее всем трем лодкам удалось уйти. Генерал Харэль, командующий израильскими военно-морскими силами, комментировал впоследствии: «Они слишком злоупотребляли своими перископами. При той технике, какой располагали египтяне, они могли устраивать пикники в предместьях Хайфы».
Израильтяне запланировали высадить морской и воздушный десанты и провести в понедельник ночью комбинированную атаку на Эль-Ариш – важнейший опорный пункт и центр снабжения египтян в Синае. Но уже в понедельник днем, узнав о темпах продвижения бронетанковых сил генерала Таля, устремившихся к Эль-Аришу через Хан-Юнис и Рафиах, они отменили эту операцию. Парашютистов срочно перебросили в район Иерусалима и на Иорданский фронт, где, к удивлению израильтян, через несколько часов после начала военных действий между Египтом и Израилем иорданские войска предприняли наступление.
