21 сентября Перкин снял осаду и двинулся в Тонтону, не отрывая одного глаза от короны, но другим уже начиная косить в сторону святого убежища, хотя корнуэльцы клялись и божились оставаться с ним до последней капли крови.
Уходя от Эксетера, он имел от шести до семи тысяч человек, многие из которых, привлеченные молвой о столь крупном предприятии и в расчете на добычу, явились, когда он уже стоял перед Эксетером, но после снятия осады некоторые улизнули. Подступив к Тонтону, Перкин, изображая бесстрашие, весь день делал вид, что готовится к бою, но около полуночи в сопровождении трех десятков всадников бежал в Бьюли, что в Нью-Форесте, бросив корнуэльцев на произвол судьбы. Впрочем, тем самым он освободил их от клятвы и выказал обычную для него сентиментальность, удалившись, чтобы не видеть, как прольется кровь его подданных. Узнав о бегстве Перкина, Генрих VII выслал пятьсот всадников, чтобы перехватить его, прежде чем он достигнет моря или того малого островка, который называли святилищем. Но к последнему отряд подоспел слишком поздно. Поэтому им оставалось лишь окружить убежище и выставить охрану, ожидая дальнейших распоряжений короля.
Генрих VII отправил делегацию для переговоров с Перкином, который с радостью согласился на такое условие, поскольку был в плену и лишен всяких надежд. Перкина доставили ко двору, но не представили королю, хотя тот, снедаемый любопытством, порой наблюдал за ним из окна. Перкин пользовался свободой, но находился под постоянным наблюдением.
Однако вскоре Перкин начал затевать новую авантюру. Накануне Троицы в субботу 9 июня 1498 года, обманув стражу, он сбежал и направился к морскому берегу, но, спасаясь от погони, вынужден был повернуть обратно. Он проник в Вифлеемский дом, называемый Шайнским приорством (которое имело привилегию святилища), и сдался приору этого монастыря. Приор слыл святым и был в те дни окружен всеобщим почитанием. Он явился к королю и стал просить его сохранить Перкину жизнь, во всем остальном предоставляя его судьбу усмотрению короля. Многие из окружения Генриха VII убеждали его схватить и повесить Перкина, однако король, которому высокомерие не позволяло ненавидеть тех, кого он презирал, решил схватить проходимца и забить его в колодки. Итак, пообещав приору сохранить самозванцу жизнь, он велел его выдать.
15 июня Перкина заковали в кандалы и забили в колодки на эшафоте, воздвигнутом во дворе Вестминстерского дворца, и продержали так весь день. На следующий день то же самое повторилось на перекрестке в Чипсайде, и в обоих местах он вслух читал свою исповедь. Из Чипсайда его перевели и заточили в Тауэр.
