Борис Михайлович рассмотрел подготовленные Военно-историческим отделом материалы, обобщавшие зимние наступательные операции, проведенные Красной Армией в 1941/42 году. Он сделал обстоятельные замечания и рекомендовал более глубоко исследовать боевые действия зимой, сделать более четкие выводы и выработать практические рекомендации для войск. Под редакцией Шапошникова в это время опубликован ряд сборников, освещавших важнейшие операции Отечественной войны. Под его же непосредственным руководством и при прямом участии был создан трехтомный труд о битве под Москвой. Это была, по существу, первая монография по истории Великой Отечественной войны. Успевал он просматривать, кроме того, различные статьи и предложения, которые ему присылали на консультацию партийные и правительственные органы. Знакомился с работой архивных учреждений, давал советы о сборе и порядке хранения документальных материалов.
Осенью 1942 года, несмотря на тяжелую обстановку на фронте, руководители Коммунистической партии и Советского государства сочли необходимым торжественно отметить 60-летие Бориса Михайловича. В приветствии Шапошникову, опубликованном всеми газетами, ЦК ВКП(б) и Советское правительство охарактеризовали его как активнейшего организатора и выдающегося полководца Красной Армии. Юбиляр был награжден вторым орденом Ленина (впервые Шапошников удостоен этой высокой награды в декабре 1939 года за успешную работу по руководству оперативной деятельностью Красной Армии). Имя маршала Шапошникова было присвоено Высшим стрелково-тактическим курсам «Выстрел» и Тамбовскому пехотному училищу.
С 25 июня 1943 года Шапошников являлся начальником Военной академии Генерального штаба (тогда она называлась Высшей военной академией имени К. Е. Ворошилова). Ни на минуту не прекращал он большой организационной и военно-теоретической работы, заботливо воспитывал офицеров и генералов, способных к оперативной работе в штабах и командованию крупными соединениями и объединениями войск. В короткие сроки академия подготовила не одну сотню высококвалифицированных генштабистов и военачальников, проявивших высокие боевые и моральные качества на фронтах Великой Отечественной войны. Его самоотверженную деятельность неутомимого труженика вновь и вновь отметили партия и правительство высокими наградами: в феврале 1944 года Шапошников был награжден орденом Суворова 1-й степени, в ноябре — орденом Красного Знамени (вторично), в феврале 1945 года — третьим орденом Ленина. Ранее он был награжден также двумя орденами Красной Звезды, медалями «XX лет РККА» и «За оборону Москвы».
