Этот переработанный план 10 апреля был направлен в Ставку.
Шапошников, учитывая рискованность наступления из оперативного мешка, каким являлся Барвенковский выступ для войск Юго-Западного фронта, предназначавшихся для этой операции, внес предложение воздержаться от ее проведения. Однако командование направления продолжало настаивать на своем предложении и заверило Сталина в полном успехе операции. Верховный дал разрешение на ее проведение и приказал Генштабу считать операцию внутренним делом направления и ни в какие вопросы по ней не вмешиваться.
12 мая, то есть в разгар неудачных для нас событий в Крыму, войска Юго-Западного фронта, упредив противника, перешли в наступление. Сначала оно развивалось успешно, и это дало Верховному Главнокомандующему повод бросить Генштабу резкий упрек в том, что по нашему настоянию он чуть было не отменил столь удачно развивающуюся операцию.
К сожалению, последовавшие вскоре события подтвердили опасения Шапошникова. Наступление нашего Юго-Западного фронта, как известно, оказалось неудачным. В результате и обстановка, и соотношение сил на юге резко изменились в пользу противника, причем изменились именно там, где враг наметил свое летнее наступление. Это и обеспечило ему успех прорыва к Сталинграду и на Кавказ.
Самого Бориса Михайловича в это время с нами в Генштабе уже не было. Напряженнейшая работа не могла не сказаться на его здоровье: весной 1942 года его болезнь обострилась. Врачи потребовали резко ограничить рабочее время. В конце первой декады мая я в связи с болезнью Бориса Михайловича вернулся по приказу Ставки в Москву из поездки на Северо-Западный фронт. Шапошников обратился в ГКО с просьбой перевести его на другой участок работы. 11 мая на меня было возложено временное исполнение обязанностей начальника Генерального штаба.
Государственный Комитет Обороны поручил Шапошникову, как заместителю народного комиссара обороны, в меру своих сил оказывать содействие коллективам профессоров и преподавателей военных академий Генерального штаба и имени М. В. Фрунзе, организовать пересмотр старых и руководить разработкой новых боевых уставов и наставлений, обобщив в них опыт войны, возглавить работу по составлению истории Великой Отечественной войны. ГКО обязывал Шапошникова посвящать работе не более пяти-шести часов в сутки.
И на этом посту Борис Михайлович оставался верен себе, работая сколько мог. В короткий срок комиссия, которую он возглавлял, рассмотрела проекты нового Боевого устава пехоты, Полевого устава, боевых уставов родов войск. По его предложению в 1942 году в Генштабе был создан специальный отдел, который обобщал опыт войны и заботился о том, чтобы он полнее использовался в войсках. Затем отдел был развернут в управление, совместно с Военно-историческим отделом Генерального штаба заложившее основу научной разработки истории Великой Отечественной войны.
