В министерстве его держали подальше от дел, в которых он больше всего был осведомлен и заинтересован. Тогда он решил заняться публицистикой и в 1859 году стал издавать газету «Русский дневник». Полуофициозный характер этого издания предопределил полный его неуспех у читателей: оно перестало выходить, даже не дотянув до конца года. После закрытия «Русского дневника» он некоторое время сотрудничал в консервативной газетке «Северная пчела». На эту его «частную» журнальную деятельность министерское начальство смотрело косо. Чтобы взять «перо» Мельникова под свой полный контроль, министр внутренних дел Валуев назначил его редактором отдела внутренней жизни правительственной газеты «Северная почта». Но и на поприще официальной публицистики он продержался недолго: выяснилась непригодность Мельникова на роль послушного пересказчика «идей» и указаний Валуева. В 1866 году Мельников вышел в отставку, переселился в Москву и перешел на положение профессионального литератора.
Переехав в Москву, Мельников становится одним из ведущих сотрудников газеты «Московские ведомости», редактором-издателем которой был М. Н. Катков — главный идеолог и присяжный публицист крайней самодержавно-крепостнической реакции. Вскоре, однако, Мельников отказался от этого, в денежном отношении весьма выгодного и необходимого для него, главы большой семьи, сотрудничества: в ногу с Катковым-политиком он идти не мог. Теперь он должен был писать прежде всего ради заработка. В 1867–1868 годах он напечатал целый ряд популярных историко-этнографических очерков о «расколе» и связанных с ним в той или иной степени религиозных сектах. Только в 1868 году он вплотную приступает к осуществлению давнего своего замысла — к писанию романа «В лесах».
Связь между двумя главнейшими произведениями Мельникова — его романами «В лесах» и «На горах» — весьма своеобразна. Каждому из них свойственна известная самостоятельность: «В лесах», например, на первом плане судьба семейства Чапуриных, а во втором романе — «На горах» — в центре повествования семья Смолокуровых. Есть различия между этими книгами и в других, может быть, менее заметных, но важных деталях и подробностях. И все-таки, сколько бы такого рода различий мы ни отметили, эта самостоятельность оказывается сугубо относительной. Ведь если читатель не знаком с книгой «На горах», то и в содержании книги «В лесах» ему будет многое неясно. Нечего уж говорить о том, что без знания романа «В лесах» роман «На горах» даже во многих сюжетных подробностях не будет понятен. В наше время два романа, так тесно связанные между собою, называют обыкновенно дилогией. «В лесах» и «На горах» — это две большие книги, или, другими словами, две сложные части одного большого произведения. В читательской памяти они так и живут — неразрывно друг от друга.
