Свои взгляды на «раскол» Мельников изложил в монументальном «Отчете о современном состоянии раскола в Нижегородской губернии», написанном по заданию министра внутренних дел (1855 г.). В этом документе рельефно выразилась двойственность положения Мельникова — ученого чиновника и просветителя. Почти десятилетняя служба не могла не повлиять на него. «Отчет» представляет собою типический образец чиновничьей «дипломатии», главным оружием которой были верноподданнические заверения. Сообразуясь с официальной политикой, Мельников писал в этом документе, что старообрядчество представляет силу, препятствующую «благодетельным видам» правительства, что в случае международных конфликтов «раскольники» могут оказать поддержку тому иноземному государству, которое пообещает им свободу вероисповедания. Правда, сколько-нибудь убедительных доказательств, подтверждающих эти положения, он, в сущности, не привел.
Но главное в «Отчете» не в обосновании правительственного взгляда на «раскол». Сквозь официальную фразеологию этого документа явственно проступает мысль Мельникова-просветителя о том, что «раскол» — это одно из тяжких зол народной жизни. Развивая эту мысль, он смело (нельзя забывать, что «Отчет» составлялся в последние годы царствования Николая I) высказал соображения и выводы большой обличительной силы. По мнению Мельникова, на отношении к «расколу» ярче всего проявлялись противоречия внутриполитической жизни России. В сущности, полулегальный гражданский быт старообрядцев создавал благодатную почву для всякого рода злоупотреблений. Чиновничество беззастенчиво грабило старообрядцев именно на том основании, что их верования были вне закона. Православный поп вымогал с них обильную дань только за то, что не доносил начальству об их приверженности к «расколу». Многие помещики «покровительствовали» старообрядцам лишь потому, что те отплачивали «благодетелю» «примерным» оброком. Богатые старообрядцы поддерживали традиции «раскола», чтобы сподручнее было обделывать свои торговые и промышленные дела, как правило, отнюдь не безгрешные.
Таким образом, главные правящие силы России на деле были заинтересованы в существовании «раскола», но именно полулегальном существовании. В николаевские времена нечего было и думать о полной легализации «раскола» — Мельников это хорошо понимал. Он искренне был убежден, что для того, чтобы защитить подлинные человеческие интересы массы старообрядцев, необходимо было подавить «раскол» силами правительства и православной церкви. Дело оставалось за малым: нужны были честные чиновники и образованные, непродажные попы!
