Францисканцы-капуцины поссорились с иезуитами. Францисканцы первыми обосновались в Пондишери, но вскоре сюда прибыли иезуиты. Стареющий король Франции Людовик XIV все больше подпадал под влияние своего исповедника иезуита Ла-Шеза, и поэтому Орден Иисуса чувствовал себя во французских владениях полновластным хозяином. Иезуиты стали настаивать на своем первенстве. Однако францисканцы не уступали. Ссора превратилась в открытую вражду. На глазах у индийцев святые отцы открыто проклинали друг друга. Напрасно Франсуа Мартен призывал строптивых церковников успокоиться, писал генеральному контролеру в Париж. Министр боялся поднимать щекотливый вопрос перед королем. Тем временем конфликт обострялся. Обе духовные конгрегации пожаловались в Рим Папа Климент XI был серьезно озабочен и послал в Пондишери специального духовного легата кардинал Турпона, католического патриарха Антиохийского. Высокий церковный сановник, опытный дипломат быстро разделил сферы влияния между иезуитами и францисканцами и призвал местных церковников к умеренности.
Францисканцы весьма терпимо относились к языческим церемониям, в которых участвовали новообращенные христиане. Иезуиты же проявляли фанатическую ненависть ко всему индийскому. Изображения индуистских богов вызывали бешеную злобу последователей Лойолы. Они неоднократно требовали разрушения всех индуистских храмов на территории «христианнейшего» короля Франции. Иезуиты нападали на брахманов с руганью и угрозами. В ответ на это брахманы настраивали местное население против служителей Ордена. Голландские агенты активно подогревали возмущение индийцев.
Франсуа Мартен оказался между двух огней. Он не хотел ссориться с главным иезуитом, другом всемогущего Ла-Шеза отцом Ташаром. Однако терпение индийцев иссякало. Мартен решил сначала воздействовать на индийцев. Он вызвал старейшин всех каст и объявил, что во имя спокойствия в городе запрещает религиозные праздничные шествия и разрешает молиться только в храмах. Индийцы выслушали приказ губернатора молча и, не сказав ни слова, удалились. На следующий день Мартен узнал, что тысячи людей собираются покинуть город. Губернатор приказал закрыть городские ворота. На следующий день у Мадрасских ворот стояло 15 тысяч ткачей — члены самой многочисленной касты Пондишери требовали открыть ворота.
Так впервые французы познакомились со стойкостью индийцев, их кастовой организацией. Касты, которые равнодушно взирали на изменение политической власти в Индии, внезапно проявили удивительное упорство в сопротивлении грубому вмешательству в их религиозную жизнь. Пришлось Мартену созывать старейшин касты и умолять их остаться в городе. В конце концов губернатор вынужден был разрешить индийцам религиозные шествия вокруг храмов. В Пондишери наступило спокойствие, хотя иезуиты продолжали открыто высказывать свою ненависть к индуистской религии. Многие индийцы покидали Пондишери, переселяясь в Негапатам и Мадрас. За два года из города уехало две тысячи семей.
