В 1692 году вспыхнула война, теперь уже между Францией и англо-голландской коалицией. 21 августа 1693 года к Пондишери подошла голландская эскадра, и Мартену пришлось эвакуировать из города женщин. Все мужчины были вооружены, и гарнизон из 600 человек ждал приступа. Однако 15 тысяч голландцев и их наемников на приступ не пошли, а, придвинув пушки к самому городу, открыли огонь. Загорелись дома. Начались паника и дезертирство. Пондишери был обречен, после двухнедельной осады он капитулировал. Мартена перевезли в Батавию (нынешняя Джакарта), откуда голландские победители хотели отправить его в Европу, но упрямый француз перехитрил их и вскоре оказался в Бенгалии, где взял на себя руководство всеми французскими факториями в Касимбазаре и Шандернагоре (по-индийски Чандер-нагар).
После того как в 1697 году в Рисвике был заключен мир, Мартен приехал в Пондишери, перешедший по договору в руки французов. В городе стала налаживаться жизнь. Во Францию разрешили ввозить отбеленный ситец, корицу, перец и другие товары, вскоре появились ткачи — около 500 человек. Уже в 1700 году Пондишери вновь занял преобладающее место среди французских колоний и факторий.
Мартен добился от Компании многих привилегий. Он стал фактически полновластным губернатором. В его руках находилась гражданская и военная власть. Верховным органом был объявлен Высший совет. Председателем его назначили губернатора, советники выполняли различные функции: первый советник был верховным судьей, второй — военным комиссаром, третий наблюдал за торговлей, четвертый ведал корабельными делами, пятый являлся прокурором и контролировал работу еудьи. На первых порах между советниками вспыхивали ссоры. Однажды, когда они грозили перерасти в междоусобную войну, Мартен своей властью сменил двух советников и установил порядок. Многое французская администрация заимствовала у своих голландских и английских соседей. Так же, как англичане и голландцы, французы собирали подоходные налоги с местного населения.
Вокруг Поидишери по-прежнему было неспокойно. Теперь Голконда и Биджапур оказались под властью могольского императора и территория, на которой находился Пондишери, управлялась субадарами Великого Могола, обладавшего практически номинальной властью. В окрестностях французской колонии бродили отряды, возглавляемые маратхскими, биджапурскими и другими феодалами. Но небольшой гарнизон Пондишери успешно отбивал атаки.
Внутренняя жизнь Пондишери была сопряжена со многими трудностями. Корабли привозили из Европы слитки серебра и золотые монеты. Вначале Мартен пытался разменивать их на рупии. Тамильские купцы расплачивались монетой низкого качества, и французы проигрывали на обмене. Мартен решил чеканить собственную монету с изображением индийской богини Лакшми. Но монета не получила распространения потому, что, во-первых, индийцам не понравилось изображение и, во-вторых, местные капуцины и иезуиты объявили святотатством наличие силуэта языческой богини на французской монете. Пришлось губернатору на этот раз уступить. Не успело стихнуть недовольство церковников, как разразился новый религиозный конфликт.
