Первый процесс по этому делу состоялся осенью 1999 года. Обвинение утверждало, что Андреотти передал двум главарям гангстерского синдиката — Гаэтано Бадаламенти и Пиппо Кало — настоятельную просьбу ликвидировать Пекорелли, которые, в свою очередь, поручили выполнение «заказа» двум другим влиятельным мафиози. Причем в качестве доказательств обвинение имело в своем распоряжении показания раскаявшихся членов «Банды Мальяна».
Прокуроры заявили, что заинтересованность бывшего премьера в смерти журналиста связана с похищением и убийством экстремистами из «Красных бригад» премьер-министра Италии и политического конкурента Андреотти — Альдо Моро. В плену тот, по сведениям следствия, написал некие заметки, в которых была подробно рассказана роль Андреотти в различных темных делах. Минно Пекорелли, а также префект Палермо генерал Карло Альберте Дела Кьеза стали обладателями этих разоблачительных записей, за что оба и поплатились — сначала был убит журналист, а затем и префект Палермо. Правда, причастность к смерти последнего Джулио Андреотти следствие не смогло установить: по его мнению, премьер, чтобы не допустить публикации скандального материала, принял решение руками мафии устранить только журналиста. Помимо обвинений Андреотти в смерти Пекорелли, обвинение на суде неоднократно указывала судьям на имеющуюся у прокуратуры достоверную информацию о связи крестного отца Сальваторе Риины по прозвищу Коротышка с бывшим премьер-министром. Однако в ходе многочисленных слушаний и процессов в 1999 году все обвинения с Джулио Андреотти и в связях с мафией были сняты. Не смог суд Перуджи доказать и его причастность к убийству Пекорелли, оправдав при этом всех обвиняемых за отсутствием состава преступления. По мнению наблюдателей, на присяжных произвел впечатление громкий жест Андреотти, отказавшегося от парламентской неприкосновенности, которую он приобрел после отставки с поста премьера, получив статус пожизненного сенатора. Тем самым бывший премьер продемонстрировал свою готовность предстать перед судом и доказать свою непричастность к сотрудничеству с мафией. И, судя по всему, этот демонстративный шаг был оценен присяжными.
Однако на прокуратуру он впечатления не произвел. Дело в том, что ведущий вначале это дело итальянский судья Джованни Фальконе и его супруга Франческа были взорваны 23 мая 1992 года вместе с сотрудниками личной охраны. Поэтому следователи посчитали делом своей чести продолжить начатую этим судьей операцию «Чистые руки» по искоренению коррупции в верхних эшелонах власти Италии, и завершившийся было процесс о связях с мафией и заказном убийстве журналиста был стремительно возобновлен.
