С 1596 года царь Феодор начал, видимо, слабеть и клониться к гробу; его тревожило смутное предчувствие близкой кончины. Он стал задумчивее обыкновенного, беседы его с духовником делались продолжительнее. Порою прорывались у него слова, бывшие очевидными отголосками мысли о близкой вечности. Во время торжества перекладывания мощей св. Алексея-митрополита в новую серебряную раку царь сказал придерживавшему их Годунову: «Правитель, осязай святыню!.. Управляй народом с неослабною ревностью… ты достигнешь желаемого, но знай, что на земле все миг и суета!» В ноябре 1597 года у царя обнаружились признаки опасного недуга, принявшего месяца через два смертельный характер. 6 января слабым пресекающимся голосом (на вопрос патриарха Иова, кому он поручает царство) Феодор Иванович отвечал, что им оставлена духовная, по которой преемницею его будет царица Ирина под попечительством патриарха Иова, Феодора Никитича Романова и Бориса Годунова. После того умирающий долго беседовал со своею супругою; в 11 часов вечера патриарх его соборовал, а в час ночи с 6 на 7 января царь Феодор Иванович тихо отошел в вечность.
Как ни приготовлены были бояре к печальной катастрофе, однако же все они оцепенели от ужаса, все… кроме Годунова! Последняя минута царя была первою минутою новой жизни временщика, требовавшею от него всей его энергии. Придав своему красивому лицу выражение, соответствовавшее печальной обстановке, правитель немедленно предложил вельможам во исполнение воли «новопреставленного» присягнуть царице Ирине, и Годунову повиновались. Он же распоряжался погребальною церемониею; утешал, уговаривал сестру свою царицу Ирину, словом, явил себя и здесь, как всегда и всюду, человеком смышленым, ловким и энергичным. Покуда он распоряжался во дворце и в храме, тысячи его клевретов, рассеянных по Москве, внушали огорченному народу, что единое спасение царства, о котором должно Бога молить, заключается в том, чтобы венец Мономахов был предложен мудрому правителю; ссылались на его подвиги, заслуги; напоминали народу о бесчисленных его благодеяниях. Это же самоё повторяла боярам и духовенству царица Ирина Феодоровна, объявив им, что она слагает с себя свой сан и имеет непременное намерение постричься в монахини. Ее заклинали не противиться воле покойного супруга, не лишать России своей материнской любви… Но царица была непреклонна и вместе с Борисом Годуновым выехала из Москвы в Новодевичий монастырь, в котором и постриглась под именем Александры…
