Несмотря на перемирие, заключенное с царем Феодором, король шведский Иоанн III разорял северные области России, нарушая договор и надругаясь над международными правами… Война была неизбежным следствием этого гнусного вероломства, и в исходе 1589 года под знаменами царскими собрано было до 300 000 войска пешего и конного при 300 орудиях. Предводительство вверено было князьям Мстиславскому, Хворостинину, боярам Борису Годунову и Феодору Никитичу Романову. Царь производил смотр войскам в Новгороде, где разделил их на три корпуса. Первый послан был в Финляндию, второй — в Эстонию, а третий, при котором находился сам Феодор Иванович, 18 января 1590 года двинулся к Нарве. Князь Хворостинин, разбив шведского полководца Густава Баннера, оттеснил его от Нарвы к Везенбергу и приступил к осаде. Нарвский комендант Карл Горн удачно отразил первый приступ (18 февраля), но русские, несмотря на значительный урон, готовились ко второму, продолжая бомбардировку. Одновременно наши опустошали Финляндию и Эстонию… Тогда король шведский вынужден был вступить в переговоры, и 25 февраля заключено было годичное перемирие, в силу которого шведы уступили нам, кроме Яма и Ивангорода, Копорье со всеми военными запасами. Оставив гарнизон и воевод в трех завоеванных крепостях, царь Феодор, сопровождаемый войсками, торжественно вступил в Москву.
Пользуясь перемирием, чтобы собраться с силами, король Иоанн объявил договор, заключенный от его имени, недействительным и, опираясь на многочисленное войско, посланное в Эстонию, требовал от русских возвращения занятых ими крепостей. Воеводы отвечали отказом; шведские воины единодушно объявили своим начальникам, что они не намерены сражаться за неправое дело… Генерал Боэ, осадивший Иван-город, был отражен от его стен воеводою Сабуровым. Сохранив, таким образом, все свои завоевания в областях шведских, Россия в то же время (умом и стараниями Годунова) поддерживала приязненные сношения с прочими державами Европы. Посланники иностранных держав, находившиеся в Москве, не могли достаточно нахвалиться правителем, и лестное это мнение о нем при иноземных дворах поддерживали наши послы, избранные и назначенные Годуновым преимущественно из сонма его клевретов. Из преобразований во внутреннем строе царства русского, сделанных правителем, нельзя не упомянуть об учреждении в России патриаршества и избрании в этот сан митрополита Иова (23 января 1589 года). Смотря на самую религию как на одно из надежнейших средств к достижению своей цели, Годунов, возводя Иова на высшую ступень духовной иерархии, надеялся найти в нем, при случае, опору и подмогу. Правителя к его цели, т. е. к Мономаховой шапке, влекла непреодолимая сила; от престола отделяла его одна только ступень, на ступени этой стоял девятилетний младенец, царевич Димитрий, противник могучий и сильный своими правами. Димитрий в глазах Годунова был тем же, чем для опытного морехода бывает малое облачко, летящее ему навстречу и видимо разрастающееся в громоносную тучу. Царь Феодор бездетен; в случае его кончины Димитрий будет наследником, царица Ирина — инокиней, а правитель узником… Яд, петля или плаха — вот что ждет его в будущем в случае переворота, может быть, очень недалекого. Младенческой ли руке одним мановением разрушить здание, над сооружением которого Годунов трудился многие годы?
