Тюремная администрация пыталась любыми путями обеспечить соблюдение установленных законом условий, но это было сложно, так как количество политических заключённых в тюрьмах постепенно превысило количество уголовных, и уголовные нередко выступали на стороне политических в борьбе за права заключённых.
Сроки содержания арестованных в полицейских участках и в тюрьме до суда в 1906—1907 годах. Оказалось, что в полицейском участке в среднем арестованный находился 7 дней до того, как его переводили в тюрьму, но отдельные лица находились там более одного-полутора месяцев. Средняя же продолжительность содержания под стражей подследственных до передачи дел в суды составляла 5 месяцев 12 дней, а максимальная доходила до 15 месяцев.
Подробное описание санитарного состояния тюрем в 1909 году дал Н. Гурьев. Он указал на однообразие пищи арестантов, недостаточную калорийность их суточного рациона. Только в небольшом количестве из обследованных им тюрем имелся достаточный запас белья, позволявший производить его еженедельную смену. Среди других недостатков Н. Гурьев отметил произвольное сокращение администрацией времени прогулок арестантов и даже полную их отмену, наличие клопов в камерах, плохое медицинское обслуживание и обеспечение гигиенических условий. Результатом неблагоприятных условий являлось развитие у многих арестантов туберкулёза легких.
Выступая в 1911 году на заседании Государственного Совета, начальник Главного тюремного управления Хрулев в ответ на упрёки, что арестанты едят мясо, которого не видит русский крестьянин, указал, что в огромном большинстве губернских тюрем, а в уездных повсеместно, мясо совершенно не даётся, за исключением праздничных дней, а приправа супа делается с помощью только сала. Исключением являлись тюрьмы Санкт-Петербурга и Москвы, где были установлены другие нормы. Чай и сахар арестантам также не давался.
В 1909 году стоимость содержания одного арестанта в России была ниже, чем в других странах Европы, в том числе по сравнению с Англией в два раза.
Плохо в тюрьмах было и с библиотеками: в трети из общего числа тюрем, откуда в 1904 году поступили сведения, библиотеки полностью отсутствовали.
В декабре 1915 года министром юстиции была утверждена Общая тюремная инструкция, в которой подробно регламентировался порядок исполнения предварительного заключения под стражу и исполнения наказания в отношении различных категорий арестантов. Эта инструкция с определенными исключениями фактически действовала и в первые годы советской власти.
