Это было началом разложения тюремного персонала, который уверенно чувствовал себя с уголовными преступниками, но оказался не в состоянии ни понять политических, ни противостоять им. Видя, что режим в тюрьмах ослабевает и ситуация выходит из-под контроля администрации, Министерство юстиции, в ведении которого с 1895 года находились указанные места лишения свободы, в 1904 году утвердило Правила о порядке содержания в тюрьмах политических арестантов.
Во время проведения дознания или следствия политические арестанты должны были содержаться в особых камерах по одному и по возможности изолироваться от других категорий на прогулке, в церкви, комнатах для свиданий и т. д. В определённые дни, но не более одного раза в неделю, за счёт собственных средств политические арестанты могли приобретать продукты и предметы обихода, которые разрешалось иметь в тюрьме: чайники, миски, мыло, гребешки, щетки, бумагу и т. д. На хозяйственные работы по тюрьме они не назначались, но были обязаны сами поддерживать чистоту и порядок в камерах и убирать постель. Им предоставлялось право заниматься в камерах или в специально отведённых для этого помещениях письменными работами или ремесленным трудом. Они могли читать книги, газеты и журналы за исключением запрещённых к обращению в публичных библиотеках, а также газет и журналов, вышедших в течение последних 12 месяцев.
Свидания с супругами и ближайшими родственниками, к числу которых относились родители, дети, родные братья и сестры, а в особо уважительных случаях и с другими лицами, разрешались начальником тюрьмы с согласия лица прокурорского надзора или лица, проводящего дознание. Количество свиданий – не более двух в неделю в дни и часы, определенные начальником тюрьмы. Помещения для свиданий оборудовались разделительной решёткой.
Выбор старост, устройство общей кассы и передача друг другу денег и вещей политическим арестантам запрещались.
Таким образом, Правила предусматривали более строгую изоляцию для политических арестантов, по сравнению с общеуголовными, однако до 1907—1908 годов администрация тюрем была не в состоянии обеспечить их выполнение. Так, в одесской тюрьме в 1907 году заключённые, пользуясь самодельными отмычками, свободно открывали двери камер, посещали друг друга и даже оставались на ночёвку в других камерах. В тюрьме действовала общественная комиссия из представителей всех партий. В этот же период времени московская центральная пересыльная тюрьма («Бутырка»), где также содержались подследственные, была открыта для межкамерных контактов. С утра до вечера заключённые вели переговоры друг с другом через окна, свободно получали известия с воли, издавали свой собственный журнал. Свидания имели без решёток и с кем угодно.
