К 1880 году на 76 090 арестантских мест приходилось 94 769 заключённых – на 24% больше лимита. В отдельных учреждениях переполнение достигало пятикратного уровня. На каждого тюремного надзирателя приходилось от 20 до 80 арестантов.
В последней четверти XIX века тюремные власти были озабочены решением двух проблем: во-первых, создать условия содержания под стражей в соответствии с европейскими стандартами и, во-вторых, обеспечить изоляцию арестованных, прежде всего обвиняемых в государственных преступлениях.
В марте 1882 года киевский генерал-губернатор Стрельников для предотвращения связи через окна политических заключённых приказал закрыть окна металлическими щитами в виде прямоугольного ящика без крышки и без одной стороны. Щит плотно прилегал к окну снаружи, оставляя одно отверстие снизу. В результате заключённые практически полностью лишались естественного света и притока свежего воздуха. После убийства генерала его преемники поспешили снять эти сооружения.
В 1879 году при Министерстве внутренних дел было образовано Главное тюремное управление, призванное вывести тюремную систему из кризиса, в котором она оказалась. И первое, за что взялось новое подразделение министерства – надлежащее устройство тюремных помещений. В связи с тем, что денег, выделяемых правительством на эти цели, явно недоставало, упор был сделан на приспособление под тюремные помещения уже существующих строений. Для удешевления построек подрядная система во многих случаях заменялась хозяйственной и, где представлялось возможным, применялся труд арестантов. Таким образом, к 1890 году вновь было отстроено 11 тюремных зданий и перестроено или подверглось капитальному ремонту 57.
За этот же период на 27 % увеличилось количество тюремных надзирателей, так что в 1888 году на одного надзирателя приходилось 13,7 арестантов. Улучшилось и материальное положение тюремных служащих. Несколько улучшилось также снабжение заключённых одеждой, были установлены новые нормы питания.
Представители тюремного ведомства поддерживали контакты с западноевропейскими коллегами, принимали участие в международных пенитенциарных конгрессах, на которых обсуждались вопросы тюремной политики, вырабатывались согласованные решения.
Ещё прежде граф В.А. Соллогуб называл русскую тюрьму «притоном разврата, мошенничества», «фабрикой фальшивых паспортов, монет, ассигнаций». И через много лет все эти недостатки были налицо. К примеру, в 1884 году в одной из петербургских тюрем в камере была найдена хорошо оборудованная литография, изготовлявшая бланки для фальшивых метрических свидетельств от имени Олонецкой духовной консистории.
