В 1851 году Общество было причислено к Министерству внутренних дел, а в состав его местных комитетов и отделений в качестве обязательных членов были введены губернатор, епархиальный архиерей, председатели губернских присутственных мест и другие чины.
С отменой крепостного права, проведением судебной реформы и отмены телесных наказаний места лишения свободы начали наполняться арестованными и осуждёнными из бывших крепостных крестьян, различные проступки которых ранее разбирались их владельцами, не прибегавшими к помощи государств. Шире стало применяться тюремное заключение и за преступления, совершение которых прежде влекло телесные наказания.
Ожидание тюремной реформы, подготовка которой затянулась на 15 лет, в значительной степени парализовало работу государственных органов; ограничились ассигнования на первоочередные нужды. С 1855 по 1881 год МВД ни разу не получало кредита на ремонт и расширение тюремных зданий в полном объеме. Сократился и приток средств от частной благотворительности. Тюрьмы пришли в антисанитарное состояние, здания некоторых разрушались, в других недоставало пекарен, бань, прачечных, сушилок, погребов, кладовок, что отражалось на условиях содержания арестантов. Существовавшие прежде тюремные мастерские закрывались и переоборудовались в жилые помещения. Во многих тюрьмах не было женских отделений.
Часть тюрем была размещена в наёмных домах, совсем не приспособленных для размещения арестантов или в казённых зданиях, сооруженных для иных надобностей (например, Петербургская исправительная тюрьма располагалась в комплексе зданий винного городка). Даже специально построенные тюремные здания в большинстве своем отличались ветхостью, сыростью, недостатком света и воздуха, неудобством внутреннего устройства помещений, отвратительным состоянием отхожих мест. Различия в планировке зданий делали невозможным выполнение единого устава в местах заключения.
Для разрешения вопроса о выработке новой пенитенциарной системы была учреждена комиссия из представителей ведомств, имевших отношение к тюремному делу. В 1873 году под редакцией тайного советника графа В.А. Соллогуба вышел труд под названием «История и современное состояние карательных учреждений за границей и в России». В частности, граф констатировал: «Русская тюрьма сделалась для народа развращающим учреждением». Само начальство называло тюрьмы «школами порока», «академиями преступлений», в которых хорошему человеку достаточно было пробыть три дня, чтобы окончательно испортиться.
