Система управления МиГ-23 всех модификаций включает в себя системы управления по трем каналам, системы управления стреловидностью крыла и тормозными щитками. Поперечное управление самолетом осуществляется при помощи отклонения интерцептора на одной консоли с одновременным дифференциальным отклонением половин стабилизатора. При максимальной стреловидности крыла отклонение интерцепторов исключается. Тормозные щитки выпускаются при нажатии кнопки на РУД и остаются выпущенными, пока кнопка удерживается в нажатом положении. Самолет оснащен системой автоматического управления по трем осям САУ-23А и системой ограничения углов атаки (СОУА), исключающей выход самолета на режимы сваливания и предназначенной для полного использования его маневренных характеристик. Это обеспечивается автоматическим отводом ручки «от себя» в случае достижения максимально допустимого (для данного угла стреловидности крыла) угла атаки с учетом скорости его нарастания.
Гидросистема состоит из двух автономных систем: основной и бустерной. Каждая система имеет насос переменной производительности НП-70А-3, приводимый от маршевого двигателя самолета. Бустерная система обслуживает одну из камер двухкамерных бустеров стабилизатора (БУ-170А) и интерцепторов (БУ-190А), а также правый гидромотор системы поворота крыла СПК-1. Основная гидросистема обеспечивает питанием однокамерный бустер БУ-270 руля направления, вторые камеры бустеров стабилизатора и интерцепторов, левый гидромотор системы СПК-1, а также выпуск и уборку шасси, закрылков, тормозных щитков, привод клиньев воздухозаборников, механизма поворота носовых колес, системы СОУА, подфюзеляжного гребня, загрузку педалей, переключение ступеней управления стабилизатором в режиме крена и автоматическое торможение колес при уборке шасси. Дополнительным источником гидравлической энергии являются шаровые гидроаккумуляторы, установленные по одному в каждой системе и обеспечивающие их работоспособность при больших кратковременных расходах рабочей жидкости. Рабочее давление в гидросистемах – 210 кгс/см2.
Пневмосистема состоит из основной и аварийной. Основная обеспечивает герметизацию и подъем фонаря, прижим щитков-уплотнений между поворотными и неподвижными частями крыла, торможение колес шасси, закрытие перекрываемого клапана топливной системы, управление тормозным парашютом, системой «поддавливания» блоков РЛС и продува отсеков оборудования. Аварийная обеспечивает аварийное торможение основных колес и аварийный выпуск шасси с одновременной уборкой поворотной части гребня. Воздушными баллонами пневмо-систем являются полости стоек и осей вращения основных опор шасси.
