Наиболее сложным был взлет при низких температурах воздуха, когда уже на рулении водяные брызги попадали на остекление кабины летчиков и замерзали. Обогрев стекла, даже при своевременном его включении, помогал в этих случаях мало. Так, по воспоминаниям командира ОДРАП авиации СФ п-ка Р. В. Калмыкова, именно по этой причине один из летчиков его полка уклонился от направления взлета и пробил днище лодки на камнях. Самолет после этого затонул, а экипаж был эвакуирован другим Бе-6 из 232-й отдельной спасательной эскадрильи авиации СФ. Командир экипажа спасателей к-н Е. А. Лахмустов впоследствии стал летчиком-испытателем в Таганроге. Затонувший самолет восстановили, а затем перегнали в Ленинград, где использовали в качестве учебного пособия.
Не просто приходилось экипажу и во время взлета темной ночью, когда не был виден горизонт. Уже упоминавшийся И. В. Швец рассказал, что в их части произвели специальную доработку Бе-6: над кабиной штурмана установили стойку с горизонтальной планкой, которая имела прорезь с подсветкой изнутри. Таким образом, даже при очень слабой видимости командир имел возможность, не опуская глаз на авиагоризонт, избегать кренов во время взлета. Кроме того, производилось довольно своеобразное распределение обязанностей между летчиками: в частности, парировать возникающие крены вменялось в обязанность правому летчику.
Как и взлет, посадка на воду не походит одна на другую, особенно в районах с интенсивным движением судов и резко меняющейся гидрометеорологической обстановкой. Даже в течение одной летной смены условия могли существенно различаться. При заходе на посадку приходилось считаться с отсутствием земных ориентиров по курсу, что было особенно необычным для летчиков, ранее летавших на колесных самолетах. Если условия для посадки оказывались благоприятными (ветровая волна до 15 см), выполнение ее сложностей не представляло. Но приводнение в штиль или при большой волне требовало от летчиков хороших навыков. Особую проблему составляло определение расстояния до воды, когда радиовысотомер малых высот оказывался уже практически бесполезным. В штиль летчики ориентировались по буям. Если же они отсутствовали, то экипаж мог использовать переднюю пушку: ствол ее опускали вниз на 35° и открывали огонь для создания всплесков. Посадки ночью производились с применение посадочных фар. Для обозначения посадочной полосы вначале применялись примитивные фонари типа «летучая мышь», установленные на поплавках. Впоследствии их сменили аккумуляторные огни, которые после окончания полетов снимались со старта во избежание хищений.
