В начале 1961 г. был закрыт еще один важный вопрос: в ЛИИ провели в полном объеме испытания самолета на штопор. Программу выполнили летчики-испытатели С.Н.Анохин и А.А.Щербаков. Режим начинали на 12000 м. Памятуя о помпа-жах АЛ-7Ф-1, при вводе в штопор его, как правило, выключали и вновь запускали уже после вывода. Потеря высоты составляла около 2,5-3,5 км. По заключению испытателей, самолет мог войти в штопор лишь в результате грубой ошибки пилотирования или мог быть введен преднамеренно. Сам штопор имел неустойчивый характер, близкий к падению листом, с углами атаки около 45-50° и угловой скоростью порядка 1,7 рад/с. Несколько позднее к штопорной программе подключились летчики ГК НИИ ВВС. В очередном полете 30 марта 1961 г., когда самолет пилотировал Фадеев, произошел помпаж, и после вывода двигатель не запустился. Летчик решил выполнить аварийную посадку на грунтовую полосу аэродрома ЛИИ. При пробеге самолет перевернулся, и Фадеев получил тяжелые повреждения позвоночника.
Серийное производство Т-43 с РЛС типа ЦД-30 и управляемым воздухозаборником было развернуто в Новосибирске сразу по окончании выпуска партии машин ПТ-8. Образцом для серии стал самолет №02-10. При этом Т-43 получил новый внутризаводской шифр изделие 34. Заводские летчики Т.Т.Лысенко, Б.З.Попков и др. в 1958 г. освоили новый самолет и с осени приступили к приемосдаточным испытаниям. В связи с аварийным состоянием заводской ВПП самолеты в первом же полете перегоняли на аэродром Толмачево, где и проходили испытания. Работа заводских летчиков была ничуть не легче, чем у их коллег из ОКБ: в течение 1959 г. при облетах серийных Т-43 было зафиксировано 5 летных происшествий, в т.ч. два из-за отказов двигателей. В обоих случаях летчики В.А.Богданов и Ю.Н.Харченко сумели посадить машины на вынужденную. В тот же период испытатель военной приемки В.П.Круглов сажал самолет с невыпу-стившейся левой основной опорой шасси. 19 ноября остановка двигателя произошла на перехватчике, пилотируемом заводским летчиком А.Д.Дворянчиковым. На этот раз вынужденная посадка окончилась трагически – пилот погиб. В 1960 г. во время заводских испытаний была потеряна еще одна машина, на этот раз летчик-испытатель В.Т.Выломов остался жив, благополучно покинув самолет.
В Новосибирске Су-9 выпускались с 1958 по 1962 г. Кроме того, производство самолета параллельно с Ил-18 развернули на московском заводе №30 (ныне МАПО), где перехватчику Сухого присвоили собственный индекс изделие 10. С завода №153 туда передали полный комплект рабочей документации и агрегаты самолетов, из которых к середине 1959 г. москвичи собрали первые две предсерийные машины. Со следующего года серийное производство Су-9 на тридцатке было развернуто в полном объеме и продолжалось до 1961 г. Всего на обоих предприятиях построили чуть более тысячи Су-9.
