Летом 1958 г. была решена еще одна важная проблема: для борьбы с помпажами по предложению аэродинамиков ОКБ-51 на опытном Т43-1 в воздушном канале были установлены и успешно испытаны т.н. створки перепуска. Решение оказалось настолько удачным, что руководство авиапрома мгновенно предписало внедрить его на Су-7 и МиГ-21Ф. В июле к испытаниям был подготовлен Т43-6, а в августе – Т43-4 и Т43-5. Таким образом, к директивному сроку окончания заводского этапа испытаний и передачи самолета на ГИ в строю находились все 6 опытных Т-43, и 30 августа председатель ГКАТ* П.В.Дементьев письмом на имя главкома ВВС маршала авиации К.А.Вершинина официально предъявил комплекс Т-3-51 на госиспытания. Для их проведения была назначена правительственная комиссия во главе с заместителем главкома ВВС ген.-п-ком Ф.А.Агальцовым.
Однако сразу начать испытания не удалось, т.к. ОКБ и двигателистам пришлось в течение почти 3 месяцев устранять выявленные при приемке машин недостатки. В этот период случилась первая катастрофа на самолетах типа Т-3. 20 октября в Новосибирске при выполнении заводским летчиком В.В.Провещае-вым контрольного полета на серийном перехватчике в компоновке Т-47 из-за разрушения обтекателя РЛС заглох двигатель. После безуспешных попыток запуска пилот попытался посадить самолет в поле, но погиб при приземлении.
Госиспытания начались 3 декабря 1958 г, и проводились в 2 этапа: 1-й (этап Генерального конструктора) длился по май 1959 г., 2-й (этап совместных испытаний) – с июня 1959 г. по апрель 1960 г. Полеты выполняли летчики-испытатели ОКБ: В.С.Ильюшин, А.А.Кознов, Л.Г.Ко-бищан, Е.С.Соловьев, Н.М.Крылов и ГК НИИ ВВС: Г.Т.Береговой, Н.И.Коровуш-кин, Л.Н.Фадеев, Б.М.Адрианов, В.Г.Плюшкин и С.А.Микоян. Испытания самолета проходили достаточно сложно. Сказывалась новизна техники, неотработанность конструкции отдельных систем и агрегатов, в том числе силовой установки и системы управления воздухозаборником. Частыми были случаи помпажа при дросселировании двигателя на числах М›1,8 и при наборе высоты более 15000 м и числах М›1,5. Для борьбы с этими явлениями с января 1959 г. на всех проходивших испытания самолетах увеличили ход конуса с 215 до 230 мм и установили электромеханическую систему управления воздухозаборником ЭСУВ-1 после успешного опробования ее на Т43-1. Эта система обеспечивала непрерывное управление положением конуса во всем диапазоне режимов полета. На дозвуковых скоростях он находился в полностью убранном положении, а на сверхзвуке -постепенно выдвигался, обеспечивая оптимальное расположение скачков уплотнения. Случаев помпажа воздухозаборника в ходе ГИ больше не наблюдалось.
