Всего было отправлено сто пятьдесят кораблей с более чем двадцатью тысячами войск. На одном из кораблей плыл великий инквизитор, который должен был карать и жечь отступников-протестантов. Но английский флот всего из восьмидесяти кораблей нанес испанцам сокрушительное поражение, после которого испанцы попали в бурю, и почти вся «Непобедимая армада» погибла.
Английские пираты начали грабить заокеанские владения Испании, брать на абордаж испанские суда, нападать на испанские города.
История отношений Филиппа II с его сыном от первой жены — доном Карлосом, наследником испанского престола — послужила сюжетом для многих литературных произведений: знаменитой пьесы Шиллера «Дон Карлос», одноименной оперы Джузеппе Верди.
Дон Карлос родился калекой и, вероятно, поэтому вырос неуравновешенным, вспыльчивым и раздражительным. Он очень хотел стать соправителем, однако отец не позволял ему этого. Дон Карлос собирался вступить в брак с французской принцессой Изабеллой. Но Филипп II сам женился на невесте своего сына. Спустя какое-то время молодая королева стала оказывать знаки внимания оскорбленному дону Карлосу. Филипп заметил это и из ревности удалил сына от государственных дел.
Как раз в это время в провинциях Нидерландов вспыхнули волнения, нидерландцы выступили с требованием отмены инквизиции. Дон Карлос понадеялся, что Филипп назначит его правителем Нидерландов, но король направил туда своего полководца герцога Альбу. Когда дон Карлос узнал об этом, он не смог сдержаться и с кинжалом бросился на герцога.
Его обезоружили. Спустя несколько дней были казнены верные приближенные дона Карлоса, а за ним самим был учрежден надзор. И тогда дон Карлос решил бежать из Испании. Перед побегом он хотел получить отпущение грехов и на исповеди рассказал о том, что хочет восстать против отца. Священник выдал его тайну королю. Дона Карлоса схватили. По приказу Филиппа против наследника составили обвинение. Неожиданно дон Карлос умер. По одним сведениям, он не вынес переживаний, по другим — его тайно убили.
Постоянные войны Филиппа II, расходы на огромный бюрократический аппарат истощили экономические ресурсы Испании, за время своего правления Филипп II трижды объявлял Испанию банкротом. После его смерти в 1598 году остался государственный долг в 100 миллионов дукатов.
На престол взошел Филипп III, с которого начался век троих «Austrias menores» — заурядных Габсбургов, век заката и утраты господствующего положения Испании в Европе. Новый король проводил мирную политику, в отличие от своего отца, чем навлек на себя обвинения в малодушии.
