Успехи комиссара по Испании и Португалии были замечены руководством ордена, и его карьера в ордене, вопреки его желаниям, развивалась успешно: сначала он стал главным викарием, затем комиссаром по Италии, потом — помощником генерала по Испании и Португалии. В любой ситуации он старался соблюсти интересы Церкви, не признавая никаких сделок. Авторитет Франциска Борджиа был так велик, что в 1566 году он был избран генералом ордена иезуитов, третьим по счету. При генерале Борджиа войско иезуитов достигло четырех тысяч человек, которые брались за любую работу, от распространения католической веры до ухода за больными. При Франциске Борджиа иезуиты в качестве миссионеров отправлялись в экспедиции в Америку, в Перу и в Новую Испанию (Мексику); сражались в войне против турок. В это время генерал был уже болен, но тем не менее лично отправился в этот поход. Потом он выполнил еще несколько поручений папы римского, но болезнь и путешествия привели его жизнь к логическому завершению. 30 сентября 1572 года Франциск Борджиа умер в Лорето.
21 ноября 1624 года папа Урбан VIII причислил Франциска Борджиа к лику блаженных, а 11 апреля 1671 года папа Климент Х канонизировал его.
Потомки римских и испанских Борджиа еще многие века влияли на европейскую политику: так, один потомок Лукреции, герцог Генрих де Гиз, известен тем, что едва не стал королем Франции; а другой — кардинал Ипполит II — построил виллу Эсти в Тиволи, шедевр среди итальянских дворцов, и стал одним из самых щедрых меценатов Возрождения.
Потомки убитого герцога Гандийского еще много веков блистали при испанском дворе (последний из них, дон Мариано Теллес-Гирон, бывший десятикратным грандом Испании первого класса, скончался в 1882 году).
Потомки побочных ветвей итальянских Борджиа, носящие эту фамилию, живут в Италии и по сей день.
Потомки Чингисхана
Правящие династии основанные сыновьями Чингисхана, Джучи, Джагатаем, Угедеем, Толу ем; внуками Батыем, Хулагу и др. Чингисхан происходил из рода Борджигин племени тайчжиутов. Его отец Йессугай-багатур (багатур — один из титулов монгольской знати) был богатым нойоном племени «монгол» и имел нескольких жен. Одну из них — Оэлун, родившую ему сына, он отбил у меркитского Эке-Чиледу. Сына он назвал Темучином по имени незадолго до того убитого им татарского хана, т. к. нашел на его ладошке сгусток крови. По поверьям монголов, это было знамением, предвещавшим могучего и свирепого властителя. Но есть версия, что Темучин значит «кузнец».
