Всю жизнь собирая книги, он оставил после себя большую библиотеку. Выступал он как покровитель наук и искусств. Им был основан университет в Неаполе. Он обожал женщин, имел четырех жен и всегда был окружен любовницами. У него даже был собственный гарем с наложницами и одалисками.
При коронации императорской короной Фридрих дал обет папе Гонорию III, что отправится в крестовый поход. Но, занятый наведением порядка в Италии, он все время откладывал выступление.
Города Ломбардии, как при Фридрихе Барбароссе, объединились против императора в Лигу, но теперь они выдвигали требования полной независимости.
Фридрих оказался в затруднительном положении: на него давил папа, торопя с выступлением в крестовый поход, но его волновали восставшие города. В конце концов давление папы оказалось сильнее, и Фридрих послал большое войско в Сирию, вслед которому отправился и сам, но по пути он серьезно заболел и был вынужден остановиться. Раздосадованный новой задержкой, папа Григорий IX, сменивший Гонория III, отлучил Фридриха от церкви.
Воспитанный в Сицилии, Фридрих отличался очень своеобразной религиозностью: он пользовался верой только в случаях, когда ему это было выгодно, поэтому отлучение не сильно его расстроило. Но, обиженный несправедливыми нападками, Фридрих стал поддерживать противников папы, и Григорий вновь произнес отлучение, запретив отправляться в поход, не покаявшись перед церковью. Но Фридрих не обратил на его выпады внимания и в июне 1228 года отправился в Сирию.
Собственных сил для войны с мусульманами у Фридриха было маловато, поэтому он искусно пользовался средствами дипломатии: разжигал усобицы между мусульманами и заключил союз с египетским султаном Алькамилом, который в результате уступил ему Иерусалим. Но даже взятие Иерусалима вызвало неудовольствие у противником Фридриха, которые считали соглашение, заключенное Фридрихом, «ложным миром».
На Святой город был наложен интердикт. Святые отцы ополчились против Фридриха. Они объявили отлучение всем его спутникам, папа напал на города, покорившиеся Фридриху, и мечтал захватить Сицилию.
Вернувшись из Иерусалима, Фридрих счел полезным примириться с папой, но Григорий IX ответил новым отлучением и отправил по всей Европе легатов с грамотой, в которой доказывал, что Фридрих коварно действовал в Палестине.
Немецкие князья сохраняли верность Фридриху, и папа не имел у них успеха. Учтя это, Григорий пошел на уступки, снял с Фридриха отлучение и заключил с ним мир в Сан-Джермано. Фридрих, со своей стороны, обещал не предпринимать похода на Рим и вместе с папой бороться против еретиков.
