В первые годы правления ему пришлось заняться делом Генриха Льва, войну с которым начал еще Фридрих Барбаросса. Молодой Генрих быстро собрал войско и нанес герцогу тяжелое поражение. В июне 1190 года они заключили мир. После этого он привлек на свою сторону Ломбардию, был коронован папой Целестином III и начал войну в Южной Италии, истребляя всех сопротивлявшихся. Но вскоре южный зной привел к возникновению болезней, от которых умерли многие немецкие воины, заболел и сам Генрих.
Выступление сына Генриха Льва, Генриха Вельфа, заставило Генриха VI поспешить с возвращением в Германию. Борьба с ним растянулась на годы.
А в это время умер последний потомок норманнской династии, король Сицилии Танкред. Воспользовавшись малолетством его сына Вильгельма, Генрих переправился в Сицилию и, разбив войско королевы Сибиллы, торжественно вошел в Палермо. Пообещав Сибилле оставить за ней личные владения Танкреда, Генрих вырвал у нее отречение от престола и короновался сицилийским королем. Узнав, что среди норманнских баронов зреет заговор, он жестоко расправился со своими врагами. Сибилла и три ее дочери были заключены в замке Гоэнбург в Германии, Вильгельма ослепили и сослали в замок Гоэнемс, в темнице которого он и умер. Сицилианцев вешали, сжигали, зарывали живыми в землю, сажали на кол и ослепляли. Все имущество заговорщиков Генрих конфисковал в свою пользу, а земли раздал своим приближенным.
Поручив управление Сицилией своей жене Констанции, Генрих загорелся идеей сделать императорскую власть наследственной властью Гогенштауфенов. Но на Вормсском съезде немецкие князья отказались поддержать этот проект.
Тогда император обратил свой взор на Сардинию и другие приморские острова, строил планы нового крестового похода, мечтая покорить Палестину. Но этим планам не суждено было сбыться: Генрих VI в жаркий августовский день 1197 года напился холодной воды из ручья и семь недель спустя умер. Ему было всего 32 года.
Его сын Фридрих II с малых лет научился принимать государственные решения. Чуть ли не с рождения он стал королем Сицилии, а когда ему было 19 лет, немецкие князья пригласили его в Германию. Молодой и приветливый Фридрих смог привлечь к себе немцев и, победив города, верные его противнику Отгону IV, в 1215 году короновался в Ахене.
Фридрих был высокообразованным человеком: он знал греческий, латинский, французский, итальянский, немецкий и арабский языки, но больше всего любил естественные науки и медицину.
