По просьбе Гоголя, книга поступила на цензуру А. В. Никитенко. Гоголь не ожидал больших возражений со стороны цензуры. Однако книга вызвала к себе настороженное отношение цензора вследствие того, что писатель признавал наличие в современной русской жизни острых конфликтов, и предлагал утопические способы их преодоления. Во второй тетради Никитенко направил в духовную цензуру статьи «Несколько слов о нашей церкви и духовенстве» и «О том же». Духовный цензор высказался против опубликования их, наложив на них резолюцию: «Нельзя пропустить, ибо у сочинителя понятия о сих предметах конфузны» (письмо Плетнева Шевыреву от 1 ноября 1846 г. — Н. В. Гоголь. Материалы и исследования, т. 1, М.—Л., 1936, стр. 164). И лишь вмешательство обер-прокурора синода гр. Протасова, к которому обратился Плетнев, спасло статьи от запрещения. Однако в дальнейшем Никитенко подверг запрещению три статьи третьей тетради: XIX — «Нужно любить Россию», XX — «Нужно проездиться по России» и XXI — «Что такое губернаторша» и две — в четвертой: XXVI — «Страхи и ужасы России» и XXVIII — «Занимающему важное место». Попытка Плетнева добиться отмены решения цензора через наследника, которому он прочел запрещенные главы из третьей тетради, не увенчалась успехом. Наследник согласился с цензором, что «это хоть и интересно и. написано в добром духе, но… лучше не печатать это» (письмо Плетнева А. В. Никитенко от 4 ноября 1846 г. — Н. В. Гоголь. Материалы и исследования, т. 1, М.—Л., 1936, стр. 167).
Изменения, которые вносил цензор, имели целью смягчение мест, говорящих о злоупотреблениях и вообще о темных сторонах общественной жизни. Такие места либо вовсе вычеркивались, либо переделывались цензором. Они составляют основную массу цензурных переделок и изъятий. Кроме того, цензор стремился, по возможности, уничтожить все прямые намеки на современные обстоятельства и обращения к определенным лицам. Так, в главе «О помощи бедным» во фразе: «Обращаюсь к нападениям вашим на глупость петербургской молодежи, которая затеяла подносить золотые венки и кубки чужеземным певцам и актрисам в то самое время, когда в России голодают целиком губернии» цензор вычеркнул слово: «петербургской», а слова «когда в России голодают целиком губернии» заменил более неопределенными: «когда голодают столь многие».
Издание «Выбранных мест», вышедшее под редакцией Плетнева в 1847 году, напечатано с цензурными переделками, которые в настоящем томе приведены как разночтения этого издания с указанием в скобках «цензурн.» (см. варианты). Наибольшим цензурным искажениям и изъятиям среди пропущенных цензурой статей подверглись: «О лиризме наших поэтов», «О театре, об одностороннем взгляде на театр и вообще об односторонности», «Русской помещик» и «Исторический живописец Иванов».
