Особенности работы Гоголя над «Выбранными местами» отразились на внешнем виде рукописи. Рукопись представляет собою пять аккуратно сшитых тетрадей, заключающих 79 листов. Через всю рукопись проходит пагинация автора, который нумеровал подряд все отсылаемые страницы. Рукою Плетнева проставлены лишь страницы в статье «Об Одиссее», присланной прежде первой тетради и помещенной в конце ее по указанию Гоголя, внизу последнего листа этой тетради, после окончания текста VI главы «О помощи бедным», написан заголовок: «VII. Об Одиссее, переводимой Жуковским» (письмо Н. М. Я…ву). Последний лист статьи «Об Одиссее» служил конвертом при пересылке статьи Плетневу. Рукою Гоголя на нем обозначен адрес: «St. Petersbourg Russie. Его превосходительству ректору С.-П.Бургского университета Петру Александровичу Плетневу. В С.-П.-Бурге на Васильев<ском> о<строве> в Университете». Почтовые штемпели: «Carlsbad 7 Juli Franco Grenze» и «Получено 1846 июль 9 полдень».
Первые два листа (листы 15–16) второй тетради переписаны другим лицом (статьи: «Несколько слов о нашей церкви и духовенстве», «О том же», начало «О лиризме наших поэтов»). В статье «О лиризме наших поэтов» л. 19 является вставкой, присланной одновременно с пятой тетрадью.
На последнем листе внизу помета: «конец».
Текст рукописи беловой с многочисленными поправками автора. Иногда поправки посылались Плетневу в письмах уже после отправки текста в виде указаний. Так, в письме к Плетневу от 25 августа 1846 г. Гоголь просит произвести некоторые изменения в статье «О помощи бедным»: вставить после слов «Туда несите помощь» фразу: «Но нужно, чтобы помощь эта произведена была ~ не обратится в добро» и заменить слово «расхлестывается» на «расхлещется». Письмом от 3 октября 1846 г. Гоголь сообщает Плетневу новые варианты двух фраз из статьи «Занимающему важное место».
В ряде писем Плетневу писатель напоминает о присланной с пятой тетрадью большой вставке в статью «О лиризме наших поэтов», а в письме от 2 ноября 1846 г. просит исключить из текста главы «Русской помещик» слова: «назови немцем, если не хватит другого слова», а также примечание к ним и из статьи «Близорукому приятелю» слова: «Сел верхом на коротконосьи».
Называя свое произведение «Выбранными местами из переписки с друзьями», прося своих корреспондентов присылать ему обратно письма для переработки и связывая работу над книгой с получением этих писем, Гоголь в то же время заявлял, что старые письма потребовали очень больших, переделок. На самом деле письма к друзьям лишь отчасти вошли в книгу. Почти все статьи, составляющие ее, были Гоголем специально написаны вновь. «Выбранные места» писались и составлялись по плану, и Гоголь придавал большое значение композиции книги.
