В том же 1483 году Лоренцо Великолепный заказал Боттичелли, среди других известных живописцев, выполнить цикл настенных росписей на своей вилле в Спедалетто около Вольтерры. В 1483–1484 годы Боттичелли создает свою знаменитую картину «Рождение Венеры».
«По зыбкой поверхности моря скользит раковина с золотоволосой богиней. Дуновением Ветров раковину несет к берегу, где Венеру ожидает Нимфа. Образ Венеры – один из наиболее пленительных женских образов, созданных Боттичелли: одухотворенное лицо с мечтательно устремленными вдаль глазами, удлиненных пропорций. Фигура – воплощение женственности, чувственной грации и красоты» (О.М. Персианова)
Среди многочисленных изображений мадонн знаменита «Мадонна во славе», известная под названием «Магнификат». Группа ангелов окружает богоматерь с младенцем, два из них возлагают корону на голову Марии. Группа мастерски вписана в круг, так называемое тондо, форме которого вторят плавные изгибы фигур.
В это же время художник пишет множество портретов, которые представляют собой точные характеристики моделей: Джулиано Медичи, Микеле Марулло, Лоренцо Лоренцано и др.
В девяностые годы Флоренция переживает политические и социальные потрясения – изгнание Медичи, кратковременное правление Савонаролы с его обличительными религиозно-мистическими проповедями, направленными против папского престижа и богатого флорентийского патрициата.
Раздираемая противоречиями душа Боттичелли, чувствовавшая красоту мира, открытого Ренессансом, но боявшаяся ее греховности, не выдержала. В его искусстве начинают звучать мистические ноты, появляются нервозность и драматизм.
«Уже в картине "Благовещение" (1489–1490) художник вносит в сцену, обычно столь идиллическую, непривычную смятенность, – отмечает И.Е. Данилова. – Ангел врывается в комнату и стремительно падает на колени, и за его спиной, как струи воздуха, рассекаемого при полете, вздымаются его прозрачные, как стекло, едва видимые одежды. Его правая рука с большой кистью и длинными нервными пальцами протянута к Марии, и Мария, словно слепая, словно в забытьи, протягивает навстречу ему руку. Кажется, будто внутренние токи, невидимые, но ясно ощутимые, струятся от его руки к руке Марии и заставляют трепетать и изгибаться все ее тело.
В картине "Венчание Богоматери" (1490) в лицах ангелов видна суровая, напряженная одержимость, а в стремительности их поз и жестов – почти вакхическая самозабвенность».
После смерти покровителя мастера Лоренцо Медичи (1492) и казни Савонаролы (1498) характер его окончательно изменился. Художник отказался не только от трактовки гуманистических тем, но и от свойственного ему ранее пластического языка. Его последние картины отличаются аскетичностью и лаконизмом цветового решения. Произведения его проникнуты пессимизмом и безнадежностью. Одна из известных картин этого времени, «Покинутая» (1495–1500), изображает плачущую женщину, сидящую на ступенях у каменной стены с наглухо закрытыми воротами.
