В этот период Иван старательно переписал «Древнюю российскую историю», написанную самим Ломоносовым, и всю «Российскую грамматику», а также скопировал Радзивилловскую летопись Нестора. На первый взгляд скучноватый процесс переписывания летописей и документов был для Баркова очень увлекательным в основном по причине того, что его работа сопровождалась красочными, эмоциональными и подробными комментариями Ломоносова, охотно занимавшегося с бывшим студентом.
При помощи Михаила Васильевича Барков приобрел ценный опыт исторического исследования и обширные знания по источниковедению. Чтобы скомпоновать свои новые знания, Иван самостоятельно написал свою первую научную работу, которая называлась «Краткая российская история». Она вышла в 1762 году и была высоко оценена Г. Ф. Миллером, который написал и опубликовал свою рецензию в известном научном журнале «Ежемесячные сочинения и известия о ученых делах».
Миллер по достоинству оценил работу И. С. Баркова, сказав, что собранные, проанализированные и предложенные им факты гораздо более точные, чем приведенные в работе Вольтера «Истории Российской империи при Петре Великом».
Однако из-за сотрудничества с Ломоносовым Барков был все же вынужден расстаться с мечтой о прекращении практики длительных и частых запоев. Несмотря на впечатляющую репутацию и невероятный ум Ломоносова, этот ученый, так же как и Барков, с удовольствием потреблял спиртные напитки, а пребывая в сильном подпитии, выражался откровенно и неприлично. Достоверно известен факт, что Ломоносов однажды при встрече с И. Д. Шумахером, «сложив неприлично перста», демонстрировал собеседнику кукиш, сопровождая свой крайне недипломатичный жест сакраментальной фразой: «Накось, выкуси!»
Ломоносов нередко ругался со своими противниками-поэтами и, не выбирая выражений, говорил о них самые неприятные вещи, даже не догадываясь о том, что молодой Барков, слушая его, находил оправдание и собственному вульгарному поведению. Однако не только общение с Ломоносовым и попытки обуздать собственную бунтарскую натуру занимали много времени у Баркова. Вдохновленный очередной речью своего наставника, он вскоре решился взяться за Радзивилловскую летопись. Ее срочно требовалось отредактировать и подготовить к печати. Впрочем, она уже была хорошо знакома Ивану, поскольку ранее он переписывал ее по просьбе Ломоносова.
Академия планировала издать российские летописи для того, чтобы ознакомить с ними не только научные круги, но и более широкий и менее просвещенный круг читателей. Полный энтузиазма Барков проводил долгие часы, склонясь над рукописными страницами так хорошо ему знакомого научного труда. К сожалению, работой руководил не он сам, а И. И. Тауберт, поэтому Ивану приходилось точно выполнять все указания своего непосредственного начальника. Тауберт приказал Баркову исправить в тексте все непонятные выражения и слова, адаптировать к новым требованиям орфографию и заполнить имеющиеся в летописях пробелы сведениями из других исторических документов.
