Падение Енукидзе было неожиданным. В начале 1935 года Комиссия партийного контроля во главе с Н.И. Ежовым обвинила Енукидзе в моральном разложении и в том, что он взял на работу в аппарат ЦИК многих людей чуждого социального происхождения. В марте 1935 года Енукидзе был освобожден от обязанностей секретаря ЦИК СССР, а в июне 1935 года пленум ЦК ВКП(б), заслушав доклад Ежова, исключил Енукидзе из состава ЦК и из партии. Р. Медведев утверждает, что «подлинной причиной опалы Енукидзе было его возмущение фальсификаторской книгой Л. Берии «Из истории большевистских организаций в Закавказье», где Сталину приписывались несуществующие заслуги, в том числе и те, которые в действительности принадлежали А. Енукидзе». Однако падение Енукидзе произошло в марте – июне 1935 года, а доклад Л. П. Берии, который лег в основу его книги (на самом деле она была написана по заданию Берии заведующим отделом ЦК КП Грузии Бедней), был впервые зачитан 21 – 22 июля 1935 года на собрании Тбилисского партийного актива. При этом, как отмечает Р. Медведев, работа по подготовке этого доклада велась «в тайне даже от Тбилисского филиала ИМЭЛ». Лишь потом доклад был опубликован в «Правде», а затем вышел отдельной книгой. Поэтому до своей опалы Енукидзе не мог критиковать еще ненаписанную книгу.
Совпадение же по времени опалы Енукидзе с событиями после убийства Кирова вряд ли можно считать случайным. Получалось, что первой жертвой политической опалы стал автор постановления, на основе которого развертывались массовые политические репрессии. Не исключено, что Сталин, продумывая обстоятельства, сопутствующие убийству Кирова, нашел подозрительным рвение, проявленное Енукидзе в подготовке постановления, нарушавшего нормы правосудия. Возможно, что Сталин позже сетовал, что в результате его вспышки гнева родился этот поспешный законодательный акт, который даже в то время не смогли долго применять на практике. Вероятно, Сталин стал подозревать Енукидзе в том, что тот сознательно подтолкнул Сталина к таким указаниям, а затем поспешил опубликовать заведомо ошибочный закон. Хотя вредное для судопроизводства постановление не было отменено, у Сталина могли возникнуть подозрения относительно того, почему Енукидзе не принял во внимание, что лучше было не спешить с его подготовкой, дождавшись, пока Сталин придет в себя после шока. (Позже, в марте 1938 года, на процессе «правотроцкистского центра» утверждалось, что именно Енукидзе требовал от Ягоды ускорить убийство Кирова.)
