А местная мафия и при Рашидове, и после его смерти продолжала мстить работникам госбезопасности, причастным к рождению «бухарского дела». Через некоторое время из республики выжили первого заместителя председателя КГБ УзССР В. Логунова, проводили на «заслуженный отдых» начальника следственного отдела Ганиходжаева, некоторые сотрудники были отправлены в Афганистан либо переведены в другие регионы.
Несмотря ни на что, роль узбекских чекистов в возникновении «бухарского дела» трудно переоценить: они передали в руки следствия нити, которые можно было разматывать дальше, сдвинули с мёртвой точки проблему коррупции в республике. «Бухарское дело», переросшее в республиканское, потом в «московское», а позднее и в «кремлёвское», поломало, к сожалению, судьбы многих честных работников правоохранительных органов. И первыми жертвами в этой борьбе стали работники госбезопасности Узбекистана, обвинённые, как ни парадоксально, в нарушении «социалистической законности». Они оказались заложниками в столкновении противоборствующих кланов, в политической борьбе. Первопроходцы нового курса Андронова, они и пострадали первыми.
О преследовании этих людей за добросовестное исполнение ими служебного долга мы, к примеру, сообщали в июле 1986 г. в докладной записке Горбачёву:
«Три года назад в Узбекистане нашлись люди, которые принципиально взяли на себя ответственность по искоренению организованной преступности в республике, не считаясь с риском гонений и шельмования. Благодаря твёрдой позиции, занятой председателем КГБ УзССР тов. Мелкумовым Л.Н., его первым заместителем тов. Логуновым В.Н. и другими работниками госбезопасности, несмотря на противодействие Рашидова и его окружения, стало возможным возбуждение и расследование настоящего уголовного дела. Не секрет и то, что все эти лица за непослушание были сняты со своих должностей и подвергнуты всевозможным гонениям…»
О несправедливости по отношению к чекистам Узбекистана мы говорили, выступая в средствах массовой информации, неоднократно обращались к высшим должностным лицам страны. Но ни В. Чебриков, ни сменивший его председатель КГБ СССР В. Крючков, ни курировавший правоохранительные органы секретарь ЦК КПСС А. Лукьянов, ни М. Горбачёв не предприняли ровным счётом ничего.
Гонения на сотрудников госбезопасности весьма негативно сказались на дальнейшем расследовании, серьёзно осложнили работу Одним из самых пагубных последствий было уничтожение всех оперативных материалов по «бухарскому делу». Когда наша следственная группа прибыла в Ташкент, местные чекисты располагали множеством такой информации. Нам дали возможность прослушать фрагменты звукозаписи телефонных разговоров обвиняемых, познакомиться с документами по результатам наружного наблюдения, просмотреть обобщённые данные по агентурным донесениям. Мы намеревались скрупулёзно изучить, проанализировать, обобщить всю эту обширную и полезную информацию, что позволило бы более эффективно планировать следственные действия, определять приоритетные направления, выявлять слабые места в мафиозной паутине, действовать целенаправленно, а не вслепую. Но ничего не вышло. Из Москвы зачастили проверяющие. В результате началось планомерное уничтожение собранных оперативных материалов. Сотрудники местного КГБ позднее рассказывали, что большую часть информации уничтожили. Было сожжено около 70 томов. Некоторые документы искажались и переписывались заново. Офицеры, которые ещё вчера показывали нам интересующие следствие материалы, на все просьбы виновато опускали глаза: «Извините, у нас ничего нет». А потом полушёпотом просили забыть и никогда не упоминать о том, что именно они знакомили нас с какими-то документами. Иначе, вздыхали они, у них будут крупные неприятности по службе.
