Оценив сложившуюся ситуацию, герцоги де Гизы, дядья Марии Стюарт, да и она сама принимают решение – ей следует вернуться в Шотландию, которую она покинула тринадцать лет назад пятилетней девочкой. Был снаряжен внушительный флот, который должен был доставить Марию в Шотландию. Сопровождали ее несколько дядьев, герцоги де Гизы.
Как обычно, когда совершалось плавание из Франции в Шотландию, на тот случай, если бурное море заставит путешественников причалить к берегам Англии, у англичан запрашивали гарантию безопасности. Однако Елизавета, сославшись на то, что Мария Стюарт не подписала Эдинбургский договор и продемонстрировала тем самым свое недоброжелательное отношение к английской короне, отказалась дать ей гарантию безопасности.
Мария Стюарт решила плыть безо всякой гарантии, рассчитывая на то, что хорошая летняя погода не заставит ее заходить в какой-нибудь английский порт. Английскому послу в Париже Трокмортону она сказала, что если ей придется причалить в Англии, Елизавета может сделать с ней все, что пожелает: «Если она такая жестокосердная, чтобы желать моей смерти, она может для собственного удовольствия принести меня в жертву. Непредсказуемость этой ситуации может оказаться для меня лучшей, чем жизнь. Пусть исполнится воля Божья».
Трокмортон заверил Марию Стюарт, что если она подпишет Эдинбургский договор, Елизавета даст ей гарантию безопасности и будет ей другом. Но одновременно он написал Сесилу: «Если вы хотите захватить шотландскую королеву, наши корабли должны обыскивать все суда, ибо она предпочитает прокрасться, нежели прорываться силой».
Мария Стюарт отплыла из Кале 14 августа и после пяти дней плавания благополучно высадилась в шотландском порту Лейт. Елизавета не делала никаких попыток перехватить ее.
Летом 1559 года во время переезда из одного дворца близ Лондона в другой Елизавета заболела. Видимо, это была малярия. Трокмортон, хорошо знавший Елизавету, писал Сесилу, что королева должна изменить свою диету, прекратить постоянные поездки и умерить свой аппетит. Она быстро выздоровела, но болезнь королевы заставила ее советников задуматься, что религиозное умиротворение в Англии, утверждение протестантства в Шотландии и надежды на торжество протестантства в Европе зависят от того, как долго проживет Елизавета. А если она умрет, кто унаследует английский престол? Католичка Мария Стюарт, королева шотландцев? Екатерина Грей, сестра Джейн Грей, которая как будто была протестанткой, но было известно о ее дружбе с испанским послом и симпатиях к католической вере? Или предпочтение следует отдать рьяному протестанту Генриху, лорду Гастингсу, потомку Эдуарда VI, герцогу Кларенсу?
