Елизавета не могла оставаться безразличной к вооруженной борьбе между шотландскими протестантами и католиками. Тем более, что Франция поддерживала шотландских католиков солдатами, оружием и деньгами.
Война между Англией и Шотландией завершилась в 1560 году подписанием Эдинбургского мирного договора. Согласно этому договору французы выводили свои войска из Шотландии и предоставляли шотландцам самим решать, какая у них будет религия. Англия в ответ отказывалась от своих требований немедленно вернуть ей форт Кале, который издавна считался принадлежащим Англии, но был оккупирован французскими войсками, и разорвать союз между Елизаветой и шотландскими лордами, объединившимися в протестантскую, так называемую, Конгрегацию. 15 августа 1560 года шотландский Парламент принял закон, объявлявший Шотландию протестантским государством. Это была, пожалуй, самая крупная победа Елизаветы.
Но тут на сцене появляется фигура Марии Стюарт, женщины необычайной судьбы, которой суждено было сыграть огромную роль в жизни английской королевы Елизаветы.
Дочь шотландского короля Якова V и Марии де Гиз Лотарингской, правнучка английского короля Генриха VII, Мария Стюарт с колыбели оказалась пешкой в больших династических и межгосударственных играх. Ей было пять лет, когда ее обручили с малолетним дофином, наследником французского престола, и увезли из Шотландии во Францию. Там, в Париже, при королевском дворе она и выросла.
Впереди у нее было необыкновенное, блистательное будущее – она уже была королевой Шотландии, а в будущем, когда умрет французский король Генрих II и на престол взойдет ее супруг Франциск II, ее ждала французская корона. Но и этого советникам Марии Стюарт казалось недостаточным – они заявляли о ее претензиях на английский престол, объявляли Елизавету узурпаторшей королевской власти. В герб Марии Стюарт включили и герб Англии, а Марию Стюарт официально именовали королевой французской, шотландской, английской и ирландской. Елизавете это крайне не нравилось.
Когда был заключен Эдинбургский договор, Франциск и Мария Стюарт, по указанию своих советчиков, отказались ставить под ним свои подписи. Это тоже вызвало неудовольствие Елизаветы.
6 декабря 1560 года Франциск II, болезненный юноша с гнилой кровью, умер от гнойного воспаления уха. В результате политическая ситуация во Франции резко изменилась. На французском престоле воцарился его младший брат, девятилетний Карл IX, а регентшей стала его мать, Екатерина Медичи, которая при правлении своего мужа и старшего сына не пользовалась никаким влиянием, зато теперь стала вершительницей судеб, правительницей Франции. Дядья Марии Стюарт, герцоги де Гизы уехали из Парижа в свои поместья в Шампани, а сама она оказалась на обочине политической жизни Франции. Тем временем в Шотландии умерла мать Марии Стюарт, Мария де Гиз, правившая Шотландией от ее имени.
