Этой проблемы не существовало бы, если бы Елизавета вышла замуж и родила наследника престола, но она отказывала всем претендентам на ее руку. Что касается Екатерины Грэй, то у Елизаветы были основания для беспокойства по поводу нее. Екатерина крутила любовь с сыном Сомерсета Эдуардом Сеймуром, графом Хартфордом, и просила у Елизаветы разрешения на брак с ним. Согласно акту Парламента члены королевской семьи не могли сочетаться браком с кем бы то ни было без согласия короля или королевы. Елизавета такого согласия Екатерине не дала. Вероятно опасаясь, что возможная наследница престола выйдет замуж и родит ребенка, и это подтолкнет противников Елизаветы на то, чтобы сместить ее с престола и возвести на него Екатерину.
Летом 1561 года стало известно, что Екатерина беременна. Она родила сына и утверждала, что они с Хартфордом тайно обвенчались и Хартфорд является отцом ее сына. Но при этом и она, и Хартфорд отказывались назвать священника, совершившего обряд бракосочетания.
Елизавета приказала заточить Екатерину и Хартфорда в Тауэр. Стремясь дискредитировать возможную наследницу престола и ее сына, Елизавета утверждала, что никакого венчания не было и, следовательно, ребенок незаконнорожденный.
Екатерина оставалась в Тауэре узницей. Там же томился и Хартфорд. Но комендант Тауэра, нарушая приказ Елизаветы, разрешил им жить вместе как мужу с женой. В результате Екатерина родила в Тауэре еще одного сына.
Елизавета пришла в ярость и приказала перевести Екатерину из Тауэра под домашний арест в имение ее дяди лорда Грея в Ханворте Мидлссексе, а Хартфорда оставить в Тауэре. Больше Екатерина и Хартфорд никогда не встречались. Умерла Екатерина в 1568 году в возрасте тридцати лет. Сестра Екатерины, леди Мери Грей, стояла следующей после Екатерины в списке тех, кто мог унаследовать английский престол. Она была очень маленького роста, почти карлица, а влюбилась в начальника королевского караула Томаса Кейса, очень высокого мужчину, который к тому же был на двадцать лет старше ее. Когда Елизавета в 1564 году узнала, что они тайно обвенчались, она приказала заточить Кейса в тюрьму за «флирт», а Мери отправить под домашний арест в имение ее родственников. Кейс умер в тюрьме в 1571 году, Мери была освобождена и умерла через семь лет после смерти мужа.
Елизавета и Сесил с опаской и подозрительностью следили за всем, что делала Мария Стюарт, королева шотландцев. С того дня, как она вернулась в Шотландию, Мария не предпринимала никаких действий против протестантов. Ее советником был ее сводный брат лорд Джеймс Стюарт, который был один из деятельных руководителей протестантской Конгрегации во время революции. Мария дала ему титул графа Моррея и поручила управлять Шотландией от ее имени и проводить в жизнь законы против католиков.
