1 апреля 1994 года было подписано и вступило в силу межправительственное Соглашение между Кыргызской Республикой и Российской Федерацией о порядке комплектования и прохождения военной службы гражданами КР в Пограничных войсках РФ, дислоцированных на территории Кыргызстана. Согласно этому соглашению, граждане Кыргызской Республики принимались на военную службу в пограничные войска Российской Федерации, находящиеся на территории Кыргызской Республики, по контракту и по призыву, принимая военную присягу Кыргызской Республики и обязательство перед РФ о добросовестном исполнении военной службы. Таким образом, осуществляя комплектование за счет кыргызстанских граждан, ФПС России одновременно содействовала и появлению национальных кадров пограничников. В марте 1995 года Указом Президента РФ было утверждено "Положение о Федеральной пограничной службе РФ", утвердившее, в частности, структуру и дислокацию частей и соединений ФПС Российской Федерации. К тому времени структура Группы пограничных войск Федеральной службы Российской Федерации в Кыргызской Республике выглядела следующим образом: пограничных отрядов (ПОГО) - 3, отдельных контрольно-пропускных пунктов (ОКПП) - 1, отдельная авиационная эскадрилья (ОАЭ) -1 , частей обеспечения - 4.
19-20 сентября 1995 года в Бишкеке состоялось очередное заседание Совета командующих Пограничными войсками государств- участников Содружества Независимых Государств. Открывая заседание, Президент КР А.Акаев отметил, что "именно сотрудничество, координация деятельности в сфере охраны общей границы СНГ идут, пожалуй, наиболее успешно и плодотворно".
Практически сразу после распада СССР и образования независимых государств одним из наиболее актуальных пограничных вопросов стала ситуация на таджикско-афганской границе. С этой проблемой во многом оказалась прямо или косвенно связана служебная деятельность Группы пограничных войск РФ в Республике Кыргызстан. 22 января 1993 года главами государств-участников СНГ было принято решение о мерах по стабилизации обстановки на участке государственной границы Республики Таджикистан с Исламским Государством Афганистан, согласно которому Группа пограничных войск РФ в Республике Таджикистан усиливалась подразделениями от вооруженных сил Республики Казахстан, Республики Кыргызстан и Республики Узбекистан - по батальону от каждой, о также от Российской Федерации - силами и средствами российской 201-й мотострелковой дивизии, дислоцированной в Таджикистане, на правах военной базы. На заседании Совета командующих пограничными войсками государств-участников СНГ 22 декабря 1995 года в Душанбе отмечалось, что исключительно в результате совместных действий за период 1993-1995 годы было предотвращено более 850 попыток прорыва через границу, задержано более 800 нарушителей, изъято 127 орудий и минометов, 90 гранатометов и установок для пуска реактивных снарядов, 290 единиц стрелкового оружия, более 15 тысяч мин и снарядов, более 2 тонн наркотических веществ. В работе Совета командующих принял участие президент Республики Таджикистан Э.Рахмонов, а директор ФПС Российской Федерации генерал армии А.Николаев, выступая на этом совещании, отметил, что Таджикистан - это то самое место, где на практике наиболее очевидно реализуются коллективные меры государств Содружества, направленные на поддержание стабильности на внешних границах СНГ.
