Для России охрана кыргызско-китайской границы силами своих пограничников также была целесообразна: это и потребность сохранения экономических, политических, культурных и гуманитарных связей с бывшими советскими республиками, и практическое осуществление идеи единой внешней границы Содружества. Реальным примером воплощения этой идеи в жизнь была Группа пограничных войск ФПС РФ в КР, охранявшая кыргызско-китайскую границу, аналогичным примером была и остается Группа пограничных войск ФПС РФ в Таджикистане.
9-10 октября 1992 года на заседании глав государств- участников Содружества Независимых Государств в Бишкеке обрело легитимность Решение о создании рабочего органа по сотрудничеству и координации деятельности стран-участниц СНГ - Совета командующих пограничными войсками СНГ. К тому времени закончилось формирование пограничных войск практически во всех государствах- участниках СНГ.
Охрана государственной границы на участке Группы пограничных войск Российской Федерации была организована на основе комплексного использования сил и средств, с учетом анализа складывавшейся на границе обстановки и прогнозирования ее развития. Для выполнения служебно-боевых задач использовались силы трех пограничных отрядов: Ошского, Каракольского, Нарынского, других структурных подразделений ГПВ РФ, авиационного звена вертолетов МИ-8, резервной пограничной заставы (РПЗ). Широко использовался разведывательно-поисковый метод охраны государственной границы, помощь местного населения, добровольных народных дружин. Для охраны отдаленных и труднодоступных участков границы активно применялась авиация. В то же время, Группа пограничных войск РФ в Кыргызской Республике продолжала оставаться структурным подразделением Федеральной пограничной службы Российской Федерации. В 1995-1996годах личный состав ГПВ РФ в КР принимал участие в боевых действиях в Чеченской Республике, а также в различные годы - в Республике Таджикистан.
Совершенно новая обстановка складывалась в этот период на путях международных сообщений и в пунктах пропуска через государственную границу Кыргызской Республики. Заметно возросло количество международных перевозок, выросло число туристов, бизнесменов, частных поездок граждан. Все это требовало и внимания, и постоянного совершенствования форм и методов служебно-боевой деятельности пограничных войск. В 1993 году пограничниками ГПВ РФ было задержано 30 нарушителей государственной границы, в 1994г. - 25. Военнослужащими Группы пограничных войск Федеральной пограничной службы РФ в течение 1995 года было задержано 56 нарушителей государственной границы. В пунктах пропуска пропущено 131022 человека, 15719 единиц транспортных средств, включая 2223 воздушных судна. Изъято 177,8 килограмма наркотиков, задержано контрабанды на сумму 3900 миллионов рублей. Этот официальный отчет свидетельствовал о том, что пограничники включились в борьбу с афганским наркотрафиком.
