К 1993 году в российском руководстве относительно судьбы таджикско-афганской границы существовало два полярно противоположных мнения. Первое - выводить российские пограничные войска из Таджикистана (их численность в тот период составляла примерно 5 тысяч человек). Другая точка зрения предполагала осуществление "стратегии двух границ". Не последнюю роль в выборе между двумя этими позициями сыграло и сознание угрозы массированного поступления в Россию наркотиков.
Динамика конфискации контрабандных наркотиков на российских границах к середине 90-х годов свидетельствовала, что, если в 1994 году на границах России было конфисковано 1486 килограммов наркотиков, из них на таджикском участке - 259, на кыргызском - 6,6, то в следующем году на таджикском участке изъято 1690 килограммов (75% общего объема наркотрафика), а на кыргызском участке - 277,7. В 1996 году пограничники ГФПС Российской Федерации в Республике Таджикистан изъяли 2150, в 1997-2217 килограммов наркотиков афганского происхождения.
В марте 1998 года в приграничной перестрелке были тяжело ранены двое российских воинов из Пянджского погранотряда. По мнению руководства Группы погранвойск, так им отомстили члены организованной преступной группы контрабандистов за задержание 28 февраля 1998 года крупной партии героина стоимостью 30 миллионов долларов. Всего же в Таджикистане российскими пограничниками было пресечено 135 попыток перехода границы наркоконтрабандистами, при этом в сорока вооруженных столкновениях 35 перевозчиков было убито и 7 ранено. Главари вооруженных формирований, занимавшихся незаконным оборотом наркотиков, реально угрожали убийством начальникам семи пограничных застав и укрепленных районов.
В целом, начиная с 1994 года и заканчивая первой половиной 1999 года, российскими пограничниками было пресечено более 800 попыток вооруженных курьеров пересечь таджикско-афганскую границу, которую господин Пино Арлаки, Исполнительный директор Международной Программы ООН по контролю наркотиков, назвал "воротами в Западную Европу". При этом было конфисковано 7,5 тонны наркотиков. Попытки вооруженных прорывов через афгано-таджикскую границу чаще всего предпринимались на участках Московского, Калай-Хумбского, Хорогского пограничных отрядов. В 1999-2001 годах в среднем предпринималось по 22-26 попыток в месяц, и подавляющее большинство было связано с предварительным интенсивным пулеметным обстрелом участков, охраняемых российскими пограничниками, с целью отвлечения внимания последних от вооруженных наркотрафикантов, которые пытались преодолеть границу в других точках.
