Лишь только прп. Никодим получил экземпляры напечатанного «Пидалиона», он сразу понял, как поступил с книгой Феодорит, который взял на себя попечение об издании и которому было оказано полное доверие. Это произошло примерно через год после издания, в ноябре 1801 г. Открытие повергло несчастного составителя книги в смятение и глубокую скорбь. Тогда он снова вспомнил о Дорофее, надеясь, что тот поможет ему найти какой-то выход из новых злоключений, связанных с «Пидалионом». Ведь издание «Пидалиона» было их общим делом. В своем письме Вулисме от 19 ноября 1801 г. он сообщает о случившемся с большой скорбью: «Пораженный глубокой скорбью, прибегаю к твоему священному и апостольскому сердцу, как в тихую и безмятежную гавань, чтобы обрести хоть малое утешение и успокоение в многомятущейся пучине помыслов, которые поднялись во мне из-за следующего случая. Несколько дней назад один монах монастыря Григориат привез из Молдавии два-три экземпляра моего новоизданного „Каноникона“, который рассмотрен был твоим высочайшим здравомыслием и передан в печать знакомым тебе Феодоритом. Так вот, я, когда получил напечатанную книгу и прочел ее, вместо радости испытал сильнейшую скорбь: господин Феодорит оказался вероломным и неверным вместо верного друга, потому что многое выпустил из книги и очень много ложного включил в нее».
Однако прп. Никодим не решался отослать Дорофею как это письмо, так и одно или два других, следуя совету неких святогорцев, имена которых он не называет. «Я и прежде того, – признается он Дорофею, – писал вашему совершенству одно, потом второе письмо, тяжко страдая и плача о происшествии, случившемся со мною по моим грехам. Но затем, прислушиваясь к словам некоторых людей, я поневоле воздерживался посылать свои письма. Одно из этих писем я отыскал и посылаю его вместе с настоящим письмом, будучи убежден, что во всем сочувствующий мне и братски любящий меня дидаскал мой по прочтении этого письма узна́ет о случившемся со мною, несчастным Никодимом, и пожалеет меня».
Нерешительность прп. Никодима объясняется, возможно, тем, что в это время его отношения с Дорофеем ухудшились, после того как Христофор Продромит, друг прп. Никодима, без ведома Дорофея внес в свой новоизданный «Каноникон» некоторые добавления (о них мы говорили выше), а вину за это Дорофей приписал и Никодиму тоже. Дорофей в своем диалоге с ним по поводу предосудительных, с точки зрения их обоих, действий Феодорита ставит на вид подобные действия Христофора и утверждает, что Никодим был наказан по закону возмездия.
